На Украине ее вели соединения и части сформированного в феврале 1943 года Украинского округа внутренних войск, в состав которого в середине 1944 года входили дивизия, 9 бригад, кавалерийский полк и танковый батальон — всего около 33 тыс. человек.
Согласно официальному отчету в период с апреля по июнь 1944 года: «Войска НКВД по охране тыла 1-го Белорусского и 1-го Украинских фронтов в западных областях Украинской ССР имели 142 боевых столкновения с бандгруппами «Организации украинских националистов». При этом убито 2564 и захвачено живыми 2247 бандитов.
Кроме того, задержано 1939 бандитов-одиночек.
При боевых столкновениях с бандгруппами войска НКВД по охране тыла фронтов потеряли: убитыми — 124, ранеными — 53 и пропавшими без вести — 18 человек из числа бойцов и офицеров».
Добавим, что в 1944–1945 годах оперативно-войсковые операции, направленные против бандформирований чаще всего проводились в форме прочесывания лесных массивов и «зачисток» населенных пунктов. В 1944 году было проведено 1883 таких операций, а в 1945 году 6813. За два года было уничтожено в боях 19 800 бандитов (из них 433 командира); 17 962 повстанца захвачено в плен (из них 732 командира и руководителя подпольных групп); трофеи: семь артиллерийских орудий, 135 станковых пулеметов, 1153 ручных пулеметов, ПО минометов, 55 противотанковых ружей, 33 ручных противотанковых гранатомета, семь огнеметов, 38 радиостанций, 1808 автоматов, 8319 винтовок и 14 362 гранаты.
В апреле 1944 года был создан Белорусский округ в составе трех дивизий и одного полка, общей численностью около 17 тысяч человек, а в декабре того же года — Прибалтийский округ в составе двух дивизий.
Хотя подразделения внутренних войск начали борьбу с вооруженными антисоветскими формированиями еще раньше. В июле — августе 1944 года вслед за войсками 3-го Белорусского и 1-го Украинского фронтов на территорию Литвы вступили соединения и части войск НКВД.
В республике были развернуты 7 погранполков. В их задачу входила очистка прифронтовой полосы и освобожденной территории от «отставших солдат и офицеров германских частей, мародеров, дезертиров, вражеской агентуры, антисоветских элементов и пособников противника». Пограничники столкнулись с отдельными вооруженными выступлениями местного населения, направленными против вновь образованных органов советской власти, некоторых частей и подразделений Красной Армии и войск НКВД. В республике началось «массовое неповиновение», зачастую выливавшееся в убийства «промосковских» активистов, террор и насилие.