Несмотря на эти признаки сотрудничества, было несколько инцидентов, приведших к тому, что в Соединенных Штатах и в Англии потребовали ликвидации режима Деница и принятия строгих мер против германского командования. Главнокомандующий на северо-западе генерал-фельдмаршал Буш 11 мая выступил по радио во Фленсбурге, и это вызвало резкие запросы в английской палате общин. Буш заявил, что он с согласия англичан принял командование Шлезвиг-Гольштейном и районом, занятым 21-й группой армий, и что все германские военные и гражданские власти в этой местности подчинены ему. Он ссылался на соглашение от 5 мая, согласно которому 21-я группа армий создала свою систему германского командования, через которую она могла бы полностью осуществлять первоначальные меры по роспуску немецких войск. Это выступление дало повод к нареканиям, так как оно было сделано через мощный передатчик, расположенный на территории германского Верховного штаба во Фленсбурге, на которую английские войска не имели возможности вступить. Эйзенхауэр немедленно приказал установить строгий контроль над фленсбургским радио и в дальнейшем подвергать цензуре все передачи. Англичане закрыли станцию, а генерал Рукс запретил немцам вновь открыть ее. Были нападки и по поводу того, что офицеры союзных войск фотографировались в дружеских позах с немецкими офицерами высоких рангов, а также по поводу сообщений в прессе, что для германских лидеров созданы особые условия. Эйзенхауэр осудил такие действия и приказал принять меры к недопущению их в будущем.
Протесты по поводу этих инцидентов проистекали из опасения в некоторых кругах, что союзники не собираются проявлять необходимую твердость в отношении германских командующих и что некоторые деятели старого режима могут сохранить власть и в дальнейшем. Заявления генерала Эйзенхауэра о его тогдашних целях указывают, что его главным желанием было распустить германскую армию быстрее, чтобы смягчить растущие затруднения с обеспечением немецких войск продовольствием. Он надеялся, что штаб Деница окажется полезным в обеспечении полного контроля над германскими войсками и в ускорении процесса разоружения.
Однако группа контроля во Фленсбурге и политический советник Верховного штаба уже пришли к другому выводу. 17 мая они согласились рекомендовать Эйзенхауэру немедленно распустить «так называемое правительство» Деница и арестовать гросс-адмирала и его приближенных. На следующий день уже верховное командование указало, что этот вопрос должен быть обсужден с советским командованием, и приказало принять все предварительные меры к аресту, чтобы быть уверенным, что Дениц и его штаб прекратили выполнять свои функции. 19 мая верховный командующий дал указание 21-й группе армий проконсультироваться с группой контроля во Фленсбурге, а затем арестовать членов «так называемого правительства» Деница и верховное главнокомандование германских вооруженных сил. Архивы должны были быть изъяты и полностью сохранены. Командование флота пока под этот приказ не подпало.