Для охраны границ республик образованы два новых пограничных управления ФСБ Российской Федерации, в Республике Абхазия и в Республике Южная Осетия. Управление в Абхазии будет заниматься охраной более чем 160 километров сухопутной и около 200 километров водной границы. Для этого в республике создаются 20 погранзастав и морской отдел, общая численность пограничников составит около полутора тысяч человек. В Южной Осетии также создается около 20 погранзастав, численность персонала которых составит свыше тысячи человек.
Сразу же после подписания соглашения, с 1 мая 2009 г., начался ввод российских пограничников в республики и выход их на прикрываемые участки границ. Первая фаза размещения была завершена в Абхазии к концу мая, в Южной Осетии – к середине июня. В настоящее время пограничники размещены в полевых условиях, но запланировано до конца 2011 г. закончить строительство в республиках типовых погранзастав по образцу тех, что массово строились в Чечне, Ингушетии, Дагестане и других южных регионах России в последние годы. Такие заставы являются автономными объектами, позволяющими обеспечить комфортное проживание персонала на них даже в самых изолированных районах и вести удаленный контроль государственной границы при помощи технических средств. Для авиации погранвойск создана сеть вертолетных площадок, при помощи которых обеспечивается снабжение погранзастав.
В Южной Осетии, помимо самого Цхинвала, российские погранзаставы будут расположены в населенных пунктах Арцеви, Ахмаджи, Балаани, Балта, Вахтана, Велит, Гром, Джава, Дисев, Дменис, Едис, Знаур, Квайса, Ларгвис, Ленингор, Мугути, Орчасан, Синагур и Цинагар. Таким образом, будут прикрыты не только районы, имеющие хорошее сообщение с Грузией, но и труднодоступные горные районы по всему периметру этой республики.
Уже в 2009 г. возникла потребность в скорейшем обеспечении охраны морских границ республики Абхазия и надежной защиты судоходства в этом районе Черного моря. После войны активизировалось морское сообщение Абхазии с Турцией. С точки зрения грузинской стороны это является нарушением законов Грузии, а суда, заходящие в Абхазию без согласования с грузинской стороной, являются контрабандистами. Поэтому Грузия прилагает усилия к недопущению морского сообщения с Абхазией. В 2009 г. береговая охрана Грузии произвела более 20 захватов гражданских судов, шедших в Абхазию или возвращавшихся оттуда. Суда конвоировались в грузинские порты, где в некоторых случаях на их владельцев накладывались крупные штрафы, а в некоторых случаях грузы и даже сами суда конфисковывались, а членам экипажей присуждались длительные сроки тюремного заключения.