После решения первоначальных проблем с размещением крупных сил войск на новых базах перед ними встала проблема отсутствия подготовленных полигонов для боевой подготовки. Довольно быстро были оборудованы стрельбища для стрелкового оружия, но выделение мест для танковых директрис и артиллерийских полигонов оказалось значительно более сложной задачей. Решение с выделением местными властями земли под них затянулось. Небольшие размеры республик и выделенных полигонов затрудняют проведение на их территории полномасштабных учений батальонного уровня и выше, особенно с боевой стрельбой. Для проведения некоторых видов боевых стрельб танков, артиллерии, ПВО личный состав и технику военных баз требуется выводить на полигоны СКВО на территорию России, что снижает обороноспособность российских войск в Абхазии и Южной Осетии. Особенно сложная ситуация сложилась в Южной Осетии. Стрельбище у села Дзарцеми позволяет производить боевые стрельбы только БМП. Танки для боевых стрельб приходится выводить на полигон «Тарское» в Северную Осетию.
В конце июня – начале июля 2009 г. в Северо-Кавказском военном округе прошло традиционное ежегодное оперативно-стратегическое учение «Кавказ-2009», в котором принимали участие и российские войска, размещенные в новопризнанных республиках, а также отрабатывалось оказание им помощи силами округа. Несмотря на заявленный учет опыта прошлогодней войны и отработку новой, бригадной структуры войск, по сценарию учения «Кавказ-2009» лишь незначительно отличались от предшествовавших им в 2008 г. «Кавказ-2008». С российской стороны были задействованы примерно те же силы и средства, что и в прошлые годы, учения проводились на нескольких, значительно разнесенных географически, полигонах, что не позволило отрабатывать взаимодействие бригад и других частей между собой. Не проводилась практическая отработка крупномасштабных перебросок войск округа и оперативного сосредоточения в него войск из других округов. Не совершалась практическая переброска войск непосредственно в сами новопризнанные республики для наращивания там российских группировок.
Российские войска, дислоцированные в Абхазии и Южной Осетии, принимали лишь ограниченное участие в «Кавказе-2009», в основном в виде командно-штабных тренировок. Это было связано в том числе и с опасностью отвлечения крупных сил российских военных баз там от границы с Грузией. Не привлекались к совместным учениям и вооруженные силы самих новых государств. На учениях не было продемонстрировано широкое использование новой боевой техники округа, даже поступившей в прошедшем году, что, видимо, говорит о ее недостаточной освоенности в войсках.