Не прекращались и внутренние междуусобицы. Уничтожались целые феодальные группы горцев, связавших себя службой царским властям или просто выступавших за мир с Россией.
Произвол правления Шамиля вызывал многочисленные протесты чеченцев – от бегства на российскую территорию, до вооруженных выступлений.
При этом и Мансур, и Шамиль, и другие менее известные лидеры в ходе кавказской войны сосредоточивали в своих руках всю духовную, административную и военную власть.
В 1859-1862 годах войска генерала К.Барятинского ликвидировали последние опорные пункты восставших. Занятием 21 мая 1864 года урочища Кбаада (Красная Поляна), где находилась главная база черкесов, завершилась история Кавказских войн, хотя фактически военные действия в отдельных районах продолжались до конца 1864 года. Для последнего этапа войны была характерна тактика антипартизанской борьбы, когда ущелье за ущельем занимались войсками, а население депортировалось. Лишенные таким образом материальной поддержки повстанцы не могли продолжать борьбу и вынуждены были уходить за границу или сдаваться. Успеху русской политики в это время способствовало также то, что значительная часть черкесов, адыгейцев и наиболее непримиримые представители других народов переселялись в Турцию, не желая становиться русскими поддаными.
Менее чем через 20 лет после поражения Шамиля в 1877 году Чечня и Дагестан опять взялись за оружие. Восстание было быстро и жестоко подавлено. Многие тысячи повстанцев были высланы в Сибирь. Это было последнее крупное восстание горцев в дореволюционный период.
В целом Кавказская война проводилась суровыми военно-колониальными методами и, на первый взгляд, не всегда отличалась справедливостью со стороны России. Но другого способа подавления восстания любого масштаба истории еще не известно, кроме того надо учитывать и то обстоятельство, для горца война – это способ добычи средств к существованию.
Присоединение Северного Кавказа было насущной исторической необходимостью. Это диктовалось требованиями национальной безопасности России и ее геополитическими интересами. Дальнейшее экономическое и культурное развитие региона было немыслимо, пока существовал очаг воинствующего религиозного экстремизма, опиравшегося на самые отсталые и дикие племена, которые не признавали мирного существования с соседними народами и мешали их конструктивному развитию в составе России. Кроме того, эти племена активно использовались враждебными России державами – Англией и Турцией для достижения своих целей на Кавказе. Таким образом, не решив данную проблему России оставалась одна альтернатива мирной жизни Кавказа – постоянные набеги горцев.