Этому способствовали, в отличие от периода боевых действий на территории Чеченской Республики 1994-1996 гг., активные мероприятия психологической борьбы, проведенные совместно с республиканскими информационными структурами Органами ФСБ, МВД, представителями местных, российских и зарубежных средств информации. Результатом этой работы стало крайне негативное отношение местного населения к действиям вооруженных формирований, в результате они не получили ожидаемой поддержки.
К исходу 16 сентября 1999 г. был завершен окончательный разгром вооруженных формирований, вторгшихся на территорию Дагестана из Чечни, освобождены все ранее захваченные ими населенные пункты.
Поражение вторгшейся группировки в ходе первого этапа нанесло серьезный удар по идее создания единого исламского государства на Северном Кавказе, но не изменило их планы, а заставило внести коррективы, которые предусматривали изменение тактики военных действий на определенный период времени, ужесточение политического давления на административные органы власти и усиление идеологической обработки населения.
В соответствии с Указом Президента РФ от 23 сентября 1999 г. N 1255с «О дополнительных мерах по обеспечению правопорядка и общественной безопасности в Северо-Кавказском регионе Российской Федерации» в целях объединения усилий федеральных органов исполнительной власти, активизации действий войск (сил) по обеспечению правопорядка и общественной безопасности в Северо-Кавказском регионе была образована Объединенная группировка войск (ОГВ).
Объединенная группировка войск (сил) была создана совместным приказом руководителей силовых министерств и ведомств, в которую впервые в истории вошли все силовые структуры нашего государства (войска военных округов МО РФ, внутренние войска и органы внутренних дел МВД РФ, подразделения ФСБ, МЧС, ФПС, ФАПСИ), решающих задачи под единым командованием – командующего СКВО и в тесном взаимодействии с Полномочным представителем Правительства РФ в Чечне.
В ходе подготовки и планирования операции осуществлялась перегруппировка войск, а также ее усиление за счет войск других округов. До 29 сентября 1999 года основная часть войск была перегруппирована к административной границе Чеченской Республики с целью создания буферной (санитарной) зоны и воспрещения проникновения вооруженных формирований на территорию сопредельных районов. На этом завершился первый этап плана совместной войсковой операции.
Ударами авиации и ракетных войск, огнем артиллерии систематически наносилось поражение военным базам, скоплениям вооруженных формирований и техники, другим военным объектам.