Как только завершился период перемирия, иранский царь Шапур II захватил Месопотамию и вторгся в Армению. С небольшими перерывами война продолжалась пятьдесят лет. На протяжении долгих столетий постоянных военных действий армянские правители стремились сохранить целостность территории и хотя бы в какой-то степени национальную независимость. Потомки Аршакидов занимали трон практически постоянно. Они управляли внутренней политикой государства, и социальное феодальное устройство оставалось неизменным. После того как государственной религией в начале IV века стало христианство, власть церкви возросла и ее руководители стали играть важную роль в делах государства. Ситуация изменилась после подписания в 387 году Мира между Византией и Ираном.
Благодаря этому договору Армения разделялась на два вассальных государства, подчиненных соответственно Византии и империи Сасанидов. В это время Персия находилась на вершине могущества и получила большую часть страны, иными словами, все территории, лежащие к востоку от линии, проходящей через Теодосиополис (Эрзерум) на севере и Мартирополис (Майафаркин) на юге. В византийской Армении царь Аршак III сохранил номинальную власть, но после его смерти преемник назван не был, и страна перешла под надзор армянских комесов, а затем главнокомандующего войсками Армении. В персидской Армении армянский царь сохранял номинальную власть до 428 года, но после смерти последнего отпрыска царского дома страной стал управлять персидский наместник марзпан. Следующее разделение Армении произошло в 591 году после новой войны между Персией и Византией, причем на этот раз последняя, обладавшая большим могуществом, получила более значительную часть. Теперь демаркационная линия шла от Тифлиса на севере до Дара на юге, проходя мимо Двина, Маку и озера Урмия.
Условия в обеих частях существенно отличались. Византийская политика была направлена на уничтожение феодальной системы армян и центров национального сопротивления, основанных нахарарами – феодальными князьями. Она стремилась распространить на эти земли, теперь ставшие частью империи, византийскую систему управления. Император Зено уничтожил наследственную передачу власти нахарарами старшему сыну. Он предписал, чтобы она отныне переходила к человеку, выбранному императором, как было в других частях империи. Дальнейшие изменения ввел Юстиниан. Византийская Армения была отдана под власть архонт тон архонтона (титул правителя византийской Армении). Два эдикта, увидевшие свет в 535 и 536 годах, дали дочерям равные права с сыновьями и, более того, давали дочерям право на приданое. Постепенно феодальные владения оказались раздробленными, и власть главы дома значительно уменьшилась.