Союз с монголами был полезен до тех пор, пока их армии одерживали победы. Но армянам пришлось ощутить и обратный эффект, когда власть монголов в Сирии ослабела, а Киликия стала одной из основных целей султанов Египта. Набеги мамелюков во второй половине XIII века становились все более опасными. Вооруженные силы, которые армянам удалось собрать, значительно уступали мощным египетским армиям. В Киликию снова и снова вторгались чужеземцы, грабя и разрушая города на равнине, и только в горных районах армяне могли организовать более или менее эффективное сопротивление, но даже горные крепости не всегда были должным образом защищены. В 1292 году крепость Хромкла, епархия католикоса, пала после тридцатитрехдневной осады. Католикос был взят в плен, а ценные реликвии, собранные в церкви и резиденции патриарха, похищены или уничтожены. Союз с монголами, возрожденный Хетумом II, и дружеское расположение Газана к христианам, хотя он и исповедовал ислам, на некоторое время пробудили надежды. Только преемники Газана оказались куда более фанатичными, начались религиозные преследования, и армяне больше не могли рассчитывать на помощь монголов. После падения Аутременра Киликия оказалась на передовой позиции, и путь для армий мамелюков был открыт. Порт Айас (Лаяццо), по числу проходящих через него торговых путей соперничавший с портами Сирии и Египта, в 1322 году был частично уничтожен. После возобновления атак в 1337 году мамелюки потребовали, чтобы портовые укрепления были уничтожены и Айас был отдан им на милость.
Внутренние разногласия еще более ослабляли армянское государство. Братоубийственные войны между братьями Хетума II, соперничество между баронами и антагонизм между пролатинскими и антилатинскими партиями создали ситуацию, от которой выигрывал только враг. Корнем этого антагонизма служили религиозные противоречия. Византийские правители хотели навязать армянам ортодоксальную веру, папство желало подчинить их Римско-католической церкви. В Киликии активно действовали францисканские миссии, которые сумели обратить многих, особенно из числа знати, и даже некоторых членов царской семьи. Даже Хетум II вступил во францисканский орден. Часть высшего духовенства также не возражала против установления более тесных отношений с Римско-католической церковью. Эти обращения и подчинения создали трещину между Киликийским царством и исконной родиной армян, где епископство и монахи крупных монастырей были ярыми защитниками национальных традиций. Они также привели к конфликту внутри самого Киликийского царства, поскольку большинство населения и многие лидеры оставались преданными национальной церкви.