Нам неизвестно, возвратился ли Серебрянский после окончания съезда в Баку. В его официальной биографии значится: «В РККА: начальник отряда по охране продовольственных грузов 03.18–04.19». Пока не дают разъяснений и архивные материалы. Но можно сказать с уверенностью: в самое тяжелое для Советской России время (осень 1918 – весна 1919 г.) Яков Серебрянский служил в Красной армии.
В ночь с 11 на 12 июля 1918 года в столице Закаспийской области Асхабаде (Ашхабаде) началось антисоветское восстание, в результате которого власть перешла в руки Временного исполнительного комитета Закаспийской области: Ф.А. Фунтиков (эсер), В. Дорохов (меньшевик), А.И. Доррер (кадет). В подготовке восстания также принимали участие туркменские националисты, офицеры английской военной миссии в Мешхеде (Северный Иран) и американской консульской миссии в Ташкенте.
С лета 1918 года для борьбы с контрреволюционерами и иностранными войсками советское правительство широко использовало иностранных военных специалистов. Так, в боях против Чехословацкого корпуса (состоящего из чехов и словаков) были задействованы интернациональные бригады, сформированные из бывших военнопленных: австрийцев, венгров и немцев. Вероятно, военно-политическое руководство РСФСР учитывало исторически сложившиеся противоречия этих народов. Всего за годы Гражданской войны было создано свыше 250 интернациональных отрядов, рот, батальонов и полков. В рядах Красной армии сражались (по разным подсчетам) от трехсот до пятисот тысяч интернационалистов. Более двухсот из них за боевые заслуги были награждены орденом Красного Знамени.
Завершая разговор о Бакинской коммуне, отметим, что ее войска терпели одно поражение за другим. 27 июля 1918 года части Кавказской исламской армии подошли к Баку на расстояние 16 километров. 31 июля, после отставки Бакинского Совнаркома, власть в городе перешла в руки Временной диктатуры Центрального комитета Каспийской военной флотилии (Центрокаспий). К вечеру того же дня члены Бакинского Совнаркома и все поддерживающие их военные части погрузились на 17 пароходов для эвакуации в Астрахань, но были задержаны новой властью.
Следующая попытка эвакуации была предпринята 14 августа, а Баку от турок в это время защищали армянские и эсеровские боевые дружины, матросы и английские войска (около тысячи человек). Бакинские комиссары и ряд других большевиков и левых эсеров во главе с Шаумяном (всего 35 человек) были арестованы и заключены в тюрьму. Диктатура Центрокаспия решила предать их военно-полевому суду за дезертирство, и это решение поддержала конференция заводских комитетов. В конце лета 1918 года бакинский пролетариат отвернулся от коммунаров, посчитав их предателями и «врагами народа», которые в трудный момент бросили фронт.