Тем не менее 15 сентября, накануне вступления в Баку азербайджанских войск, арестованные были выпущены из тюрьмы и отплыли на пароходе в город Красноводск. Но это не означало свободы. В Красноводске бывшие члены Бакинского Совнаркома и некоторые другие лица из их окружения были арестованы местными властями, представлявшими интересы Временного исполнительного комитета Закаспийской области. 20 сентября 9 комиссаров и еще 17 человек были расстреляны по обвинению в сдаче Баку (!) туркам.
По воспоминаниям Д.Т. Шепилова, Сталин однажды сказал ему:
«Бакинские комиссары не заслуживают положительного отзыва. Их не нужно афишировать. Они бросили власть, сдали ее врагу без боя. Сели на пароход и уехали. Мы их щадим. Мы их не критикуем. Почему? Они приняли мученическую смерть, были расстреляны англичанами. И мы щадим их память. Но они заслуживают суровой оценки. Они оказались плохими политиками. И когда пишется история, нужно говорить правду. Одно дело чтить память. Мы это делаем. Другое дело – правдивая оценка исторического факта…»[80].
Отметим, что вопреки версии о расстреле бакинских комиссаров англичанами и белогвардейцами в Красноводске в тот период не было ни одного англичанина и ни одного белогвардейца! На самом деле одни социал-демократы и эсеры (правые) приговорили к расстрелу других социал-демократов и эсеров (левых).
Взятие Баку азербайджано-турецкими войсками сопровождалось массовыми убийствами армян. По разным оценкам, погибло от десяти до тридцати тысяч человек. Существует мнение, что сентябрьская резня представляла собой месть за убийства мусульман, совершенные отрядами дашнаков в марте 1918 года.
К концу 1918 года турецкая армия была вынуждена покинуть Закавказье в соответствии с условиями Мудросского перемирия, заключенного после поражения Османской империи в Первой мировой войне. После эвакуации турецких войск регион перешел под контроль англичан.
В декабре 1918 года в ВЧК создается Военный отдел, в ведение которого из Регистрационного управления передается контрразведывательная работа в вооруженных силах. В январе 1919 года был образован Особый отдел ВЧК для борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте.
Решение о передаче контрразведывательной работы в армии чекистам стало следствием серьезной внутрипартийной борьбы в верхних эшелонах партии большевиков. Аппарат особых отделов не только выполнял контрразведывательные функции, но и надзирал за лояльностью командного состава. К тому времени Троцкий привлек на службу в Красную армию десятки тысяч офицеров, но не все из них служили большевикам из принципиальных соображений. Случаи измены военнослужащих, перехода на сторону белых целых подразделений были нередки. Ожесточенная борьба за «контрразведку» между группировками Троцкого и Дзержинского фактически являлась борьбой за информацию о настроениях в Красной армии. Мы разделяем мнение, что в форме особых отделов руководство РКП(б) постепенно восстановило в армии систему органов политической полиции, бездумно ликвидированную еще Николаем II.