Судя по всему, он и раньше стремился заготовить для себя более надёжное убежище, избрав для него Вологду. «Великий государь царь Иван Васильевич повелел заложить град каменной, и его, великого государя, повелением заложен град апреля 28 день, на память святых апостол Иассона и Сосипатра. Нецыи же глаголют, якобы и наречен бысть град во имя святаго апостола Иассона», — сообщал в 1566 году вологодский летописец.
В богатом северном городе начались грандиозные земляные и строительные работы. Прежний административный и духовный центр — архиерейское подворье — было перемещено на полкилометра вниз по реке Вологде. На участке, выбранном для нового кремля, началось строительство каменных стен длиной более трёх километров и высотой от двух до восьми метров; в пояс укреплений входили 23 башни, из которых семь были проездными. Ниже по реке часть города, где находились товарные склады и строились корабли, отделяется от напольной стороны рвом, известным в наше время как река Копанка. В Вологду доставили три сотни пушек, отлитых на московском Пушечном дворе, а в гарнизоне крепости, кроме дворян, состояло полтысячи стрельцов.
В 1568 году началось строительство величественного собора: «Великий государь царь Иван Васильевич повелел соборную церковь во имя Успения Пресвятыя Богородицы поставить внутри города у архиерейского дому, и сделаша в 2 года, а колико зделают, то каждого дня покрывали лубьем и другими орудии, и того ради соборная церковь крепка на разселины. Нецыи же глаголют, егда совершена бысть оная церковь, и великий государь вшед видети пространство ея, и будто нечто отторгнуся от свода и пад, повреди государя во главу, и того ради великий государь опечалился и повеле церковь разобрать. Но чрез некоторое время прошением преклонися на милость, обаче многие годы церковь была не освящена»>{9}.
Масштабная стройка так и не была завершена — и не только по причине инцидента с куском штукатурки. Опасаясь действительных и мнимых заговоров, Иван IV не чувствовал себя в безопасности даже в возводимой вдали от Москвы крепости. Английский дипломат Джером Горсей видел в Вологде два десятка построенных кораблей — царь готовился к бегству, пытался найти прибежище в Англии и рассчитывал на союз с королевой Елизаветой. Но и этим планам не дано было осуществиться: «Лета 7079 (1571). Майя в 5 день прииде на Русь крымской царь и град Москву пожег, а царь государь Иван Васильевич был тогда на Вологде и помышляше в Поморские страны, и того ради строены лодьи и другая суды многая к путному шествию; и тогда были вологжанам великия налоги от строения града и судов. Того ж году грех ради наших бысть посещением Божиим на Вологде мор велики, и того ради великий государь изволил итти в царствующий град Москву, и тогда Вологды града строение преста и доныне закосне». Наполовину каменный, наполовину деревянный вологодский кремль, в два раза превосходивший по площади московский, простоял ещё столетие, пока не был окончательно разобран; сейчас от него остались только следы древних рвов.