Шатровый, на погребах и подклетах, Троицкий (Покровский) храм, некогда бывший домовой церковью грозного царя Ивана, дошел до нас в сильно перестроенном виде: в 1680 году из него сделали большую монастырскую трапезную. Но после расчистки и реставрации в 1960-х годах исследователи пришли к выводу, что он представляет собой древнейший из известных подобных храмов с хорошо сохранившейся росписью шатра. Находящиеся под ним белокаменные подклеты со сводами великолепно отделаны; эти внутренние дворцовые помещения, скорее всего, предназначались для хранения государевой казны — «рухлядной», постельной, оружейной. Кроме «погребов» при храме (до его реконструкции в 1680 году), как и при домовом кремлёвском Благовещенском соборе, существовала встроенная в алтари казённая палата для хранения походной казны государя.
Покровский, Троицкий соборы, изящная церковь «иже под колоколы» Алексея митрополита и Успенская церковь и были возведены в одно время. Небольшая по объему Успенская церковь также получила в XVII–XIX веках пристройки (трапезные, звонницы), но в XVI столетии она служила домовой церковью для женской части царской семьи. Говорят, что от храма под землёй шла «государева труба», то есть подземный ход, по которому можно было в случае опасности бежать из дворца.
Во время опричнины началась перестройка дворцового ансамбля: были возведены парадное крыльцо к комплексу зданий близ Троицкой церкви и примыкавшая к ним палата с погребом и подклетом. Одни исследователи считают её парадным залом, другие полагают, что это был специально заказанный царём Иваном притвор, где проходили трапезы государя и его верных слуг, сопровождавшиеся чтением Священного Писания. Ведь именно в слободе, как считается, царь и его опричники подражали монастырской братии.
Построенная при Василии III подколокольная церковь Алексея митрополита была заключена внутри 56-метровой Распятской церкви-колокольни, которая является уникальным памятником шатрового зодчества. Венчающий сооружение лёгкий по пропорциям, устремлённый ввысь шатёр завершил создание нового архитектурного образа торжественного и парадного храма-памятника, который мог одновременно служить дозорной башней.
Якоб Ульфельдт на своём рисунке, иллюстрирующем приём посольства в слободе, изобразил ныне утраченную арочную столпообразную звонницу в виде двух башен-церквей, и потому несколько поколений исследователей тщетно искали в земле остатки второй башни. На том же рисунке из сочинения датского посла видны три отдельно стоящих каменных дворца. Однако проводимые в слободе исследования показывают, что знаменитый рисунок представляет собой не зарисовку с натуры, а, скорее, схематичный чертёж царской резиденции, где главным является изображение движения посольства между рядами придворных и опричников. Археологическими раскопками на территории государева двора вскрыты фундаменты многочисленных палатных построек, следы каменных столбов и других конструкций времён Василия III и Ивана IV. Эти открытия позволяют полагать, что дворцы государя, царицы и царевича некогда представляли единый комплекс и соединялись между собой каменными и деревянными галереями и дополнительными зданиями, остатки которых были недавно обнаружены