Перевод в Александровскую слободу государственного аппарата и опричного войска сопровождался массовым деревянным строительством: зданий приказов, казарм, хозяйственных построек и хором. Здесь же должны были находиться дворцовые слуги, подьячие, мастера-строители, а также живописцы (два дворцовых храма, Покровский и Троицкий, были расписаны в 60–70-х годах XVI века).
Слобода, фактически выполнявшая столичные функции, на какое-то время превратилась в крупный культурный центр. В ней нашлось место не только для царской казны, но и для летописей: помета в описи царского архива XVI века свидетельствует, что в августе 1568 года «летописец и тетради посланы ко государю в слободу». Писцы продолжили работу над летописью, которая оборвалась в связи со смертью ведавшего летописанием А. Ф. Адашева в 1560 году. Здесь в конце 1560–1570-х годах переписывался и иллюстрировался монументальный Лицевой летописный свод — огромная компиляция, рассказывающая о всемирной истории с библейских времен до Ивана Грозного. Рядом с царскими палатами работала типография, организованная Андроником Тимофеевым Невежей; из её изданий известны Псалтырь (1577) и Часовники (около 1577 и 1580 годов).
Самому Ивану приписывается сочинение, под псевдонимом Парфения Уродивого, канона «грозному воеводе» — архангелу Михаилу. По всей видимости, написан он был уже в самом конце царствования: в его словах читаются и страх перед явлением грозного ангела, и надежда на спасение своей грешной души: «Возвести ми конец мой, да покаюся дел своих злых, да отрину от себе бремя греховное. Далече ми с тобою путешествати. Страшный и грозный ангеле, не устраши мене маломощнаго. Дай ми, ангеле, смиренное свое пришествие и красное хождение, и велми ся тебе возрадую. Напой мя, ангеле, чашею спасения. Святый ангеле, да мя напоиши чашею спасения, и весело теку во след твоему хождению и молюся — не остави мене сира».
Но всё это было позже, а в разгар опричнины царь, скорее всего, был уверен в своей правоте и больше думал не о загробном воздаянии, а об устройстве земной жизни в новой резиденции. Троицкий и Успенский храмы были окружены дворцовыми постройками — деревянными хоромами и каменными палатами. Вокруг Успенской церкви часть каменных папертей сохранилась до наших дней, другая выявлена исследованиями. Эти паперти окружали храм со всех сторон. Западная, южная и частично северная паперти были сводчатые, восточная и северо-восточная представляли собой открытое каменное гульбище; оно имело продолжение на север, к предполагаемому центру дворца, где располагались столовый и тронный залы и парадные покои. Реставраторы и работники музея смогли восстановить несколько связанных с храмом царских палат и созданный во времена опричнины резной портал храма. Нынешние посетители музея могут ощутить себя гостями царского дворца, представить, как государь принимал послов, как отходил ко сну в опочивальне или трапезничал с опричниками.