Два года спустя по Парижу был пущен слух, что Этьен Марсель продался наварцам, союзникам англичан, и хочет открыть им ворота города. Есть легенда о том, что он, подойдя к воротам, потребовал у стражников ключи. Ключей ему не дали, и он тут же был убит ударом топора в затылок. Доказательств его предательства не найдено и поныне, а труп был найден на берегу Сены через два дня после убийства.
Теперь конный памятник Этьену Марселю стоит около Парижской Мэрии со стороны Сены.
Позднее Карл V велел пристроить к воротам ещё четыре башни, и за стеной города выросла маленькая крепость, которая с тех пор ни разу не перестраивалась.
Забавно, что во время английской оккупации Парижа гарнизоном Бастилии командовал прославленный Шекспиром обжора и шутник сэр Джон Фальстаф.
Наконец Людовик XI (см. роман В. Скотта "Квентин Дорвард"), покончивший со Столетней войной и объединивший Францию не оружием, а пером дипломата, превратил Бастилию в государственную тюрьму. Одним из первых узников стал прево Хью Обрио, тот самый, который достраивал Бастилию. Затем тут побывали Жак Арманьякский, Великий Коннетабль Луи Люксембургский, а во время религиозных войн — множество аристократов-гугенотов.
В 1601 году комендантом Бастилии стал знаменитый герцог Сюлли, Максимилиан де Бетюн, он же — всесильный министр "всех дел" при Генрихе IV.
Вскоре крепость потеряла всякое военное значение — при Людовике XIII войны, неизменно возглавляемые кардиналом Ришелье, велись поближе к испанской границе. В это время в Бастилии бывало политических узников сразу человек по сорок. Правда, сидели они в среднем по полугоду, да ещё могли в камерах (скорее квартирах) принимать гостей и задавать пиры… Но не все, конечно. Господин Бонасье, к примеру, не мог бы…
Этого преимущества не получил и знаменитый Фуке, бывший министр финансов, а затем один из вождей Фронды (см. "Двадцать лет спустя" А. Дюма). Его сторожили д'Артаньян и ещё один мушкетёр из семьи герцогов Роан, который в свою очередь угодил в камеру за намерение сдать фрондёрам городок Кильбёф в Нормандии. Вот у этого-то Роана и был слуга, которого одна из многочисленных легенд превратила в знаменитую Железную Маску. На самом деле этот слуга-авантюрист носил маску бархатную.
Впрочем, по поводу Железной Маски есть и другие свидетельства, противоречащие легенде о слуге. Вот как писал об этом один из придворных короля: "18 сентября 1698 года комендант Сен-Мар доставил в Бастилию человека в бархатной маске. Имя его неизвестно. А записано было в тюремной книге только, что привезён он с острова Сент-Маргарит. Через пять лет узник умер".