В то же время по оценке САК, которое уже в конце 1950-х годов стало использовать экономические оценки боевой эффективности, расходы СССР на организацию защиты от бомбардировщиков В-58 должны были значительно превысить стоимость программы самолета. Такую оценку можно подвергнуть сомнению, т.к. непосредственным ответом советской ПВО на создание В-58, пожалуй, можно считать только ЗРК большой дальности С-200 «Ангара» разработки НПО «Алмаз», принятый на вооружение в 1967 г. и предназначенный для поражения стратегической авиации противника на больших дальностях и высотах до рубежа бомбометания (максимальная гарантированная дальность поражения цели класса стратегический бомбардировщик – 300 км, диапазон высот перехватываемых целей – 300-35000 м, максимальная скорость цели – 4300 км/ч). Дальний перехватчик Ту-128 (1961 г.) разрабатывался для борьбы прежде всего с В-52, а основным импульсом к созданию перехватчика МиГ-25П (1964 г.) было, скорее, появление стратегического «трехмахового» разведчика Локхид SR-71.
Первое строевое авиакрыло самолетов В-58 официально образовано 1 марта 1960 г. на базе Кар- суэлл (в августе 1964 г. это авиакрыло переведено на базу Литтл Рок), второе – сформировано на базе Банкер Хилл (в 1968 г. переименована в Гриссом). Каждое крыло имело в строю 40 самолетов, каждой из трех эскадрилий в составе крыла были приписаны 12 самолетов. Боеготовность обоих авиакрыльев, принадлежащих стратегическому авиационному командованию (САК), достигнута в августе 1962г., а в сентябре этого же года самолеты были поставлены на дежурство. В тренировочных целях В-58 периодически развертывались на передовых базах в Испании (Саратога), Англии, Японии (Окинава) и на острове Гуам. Интенсивность использования В-58 была достаточно высока: за все время эксплуатации парк бомбардировщиков налетал 225 тыс.ч.
Одна треть всех бомбардировщиков В-58 постоянно несла дежурство на аэродромах в состоянии 15-минутной готовности к взлету. Начиная с 1963 г. во время учений практиковались взлеты с минимальным интервалом: до 15…20 самолетов должны были подняться в воздух за 15 м. Это был один из наиболее трудных элементов летной эксплуатации – задымленность ВПП и опасность столкновения с соседними самолетами требовали высокой точности действий летчиков.
В 1959 г. прорабатывалась необычная идея, которая так и не была реализована. Предлагалось организовать экономичное круглосуточное дежурство В-58 в воздухе с использованием «стоячей волны» наблюдающегося в Калифорнии атмосферного явления, связанного с образованием почти вертикального стационарного течения воздуха со скоростью около 90 м/с. В-58 должен был «парить» в этой зоне при работе двигателей на режиме малого газа.