В ЦК НДПА вошли 7 членов (Н. М. Тараки, Б. Кармаль, С. М. Кештманд, С. М. Зерай, Г. Д. Панджшери, М. Т. Бадахши, Ш. Шахпур) и 4 кандидата (Ш. Вали, К. Мисак, М. Задран, А. В. Сафи).
В соответствии с решением Учредительного съезда в первых двух номерах центрального печатного органа партии – газете "Хальк" ("Народ") в апреле 1966 г . была опубликована программа НДПА, которая предусматривала "сплочение всех прогрессивных, патриотических и национальных сил страны под руководством НДПА для борьбы за победу антифеодальной, антиимпериалистической, национальной народно-демократической революции; захват политической власти в стране; создание государства трудящихся; проведение социальных преобразований, направленных на преодоление отсталости страны и обеспечение ее прогрессивного развития". Конечная цель программы определялась как "построение социалистического общества на основе творческого применения общих революционных закономерностей марксизма-ленинизма в национальных условиях афганского общества".
В том же 1965 г . в Афганистане возникло, вышло из подполья несколько политических организаций (маоистская "Шоале Джавид", шовинистическая "Афган Меллат" и другие, в том числе исламистские).
Весной 1967 г . нелегально был издан Устав НДПА, определивший основы организационной структуры, принципы деятельности партии, права и обязанности ее членов. НДПА провозглашалась "авангардом трудящихся классов и высшей формой политической организации рабочего класса".
Действуя в полулегальных и нелегальных условиях в годы королевского и даудовского правлений, партия вела активную политическую деятельность. Под ее руководством систематически проводились забастовки, митинги, марши протеста, организовывались демонстрации трудящихся, издавалась и распространялась литература соответствующего содержания. Использовались также и методы парламентской борьбы. В частности, осенью 1965 г . партия приняла участие в парламентских выборах и провела в нижнюю палату четырех своих делегатов: Б. Кармаля, Н. А. Нура, А. Ратебзад и Файзль-уль-Хака.
В то же время в Москве выражали беспокойство тем, что процесс становления партии проходил медленно и сложно. Объясняли это низким теоретическим уровнем ее членов, а также отсутствием организаторского опыта у руководителей НДПА. Негативный отпечаток на деятельность партии в то время накладывало противодействие властей, ультралевых и экстремистских мусульманских группировок (типа "Братья мусульмане"). Да и для самой НДПА было характерным стремление к левацкому радикализму. В связи с этим советское политическое руководство советовало ее лидерам не форсировать события, не торопиться с коммунистическими идеями и лозунгами, больше подчеркивать в работе с массами общедемократический характер партии. Однако это не было в должной мере воспринято ни самим Н. М. Тараки, ни его соратниками (в конце 1965 г . Генеральный секретарь ЦК НДПА неофициально побывал в Москве, где встречался с ответственными работниками ЦК КПСС Р. А. Ульяновским и Н. Н. Симоненко, которые порекомендовали ему не ставить перед партией в качестве главной задачи свержение правительства ввиду ее неподготовленности и малочисленности).