К тому же сразу же после образования НДПА в ее руководстве началась борьба за лидерство на почве главным образом личного соперничества между Н. М. Тараки и Б. Кармалем. Последний, избранный депутатом парламента, болезненно воспринимал, что ему отводится… лишь вторая роль в партии. Имелись также разногласия и по некоторым тактическим вопросам. Так, например, Б. Кармаль и его сторонники в ЦК НДПА высказывались за усиление акцента на легальные формы борьбы, являлись поборниками просветительской деятельности. Они стремились добиться улучшения благосостояния народа через приобщение его к культурным ценностям, повышения образовательного уровня и т. д. Они были против распространения листовок и другой литературы революционного содержания, а наиболее эффективным методом считали выступления лидеров партии на митингах и демонстрациях. Н. Тараки же склонялся к полному переходу на нелегальную работу, объявлению партии коммунистической и образованию в случае необходимости ЦК партии в эмиграции. Он был уверен, что в условиях королевской монархии открытые выступления руководителей оппозиционной организации немедленно приведут к их аресту.
При принятии новых членов в партию Б. Кармаль предлагал не брать во внимание классовую принадлежность кандидатов, а учитывать только их взгляды и желание работать. Такая позиция Б. Кармаля объяснялась его близостью с представителями аристократии, вплоть до некоторых членов королевской семьи, ведь одно время он являлся активным сторонником возглавляемой принцем М. Даудом организации "Союз Пуштунистана", рекомендовал для вступления в НДПА начальника канцелярии премьер-министра Мохаммада Доста и других высших чинов государства.
Н. М. Тараки возражал против этого, доказывая, что с вступлением в НДПА представителей имущих классов и королевской семьи нарушится классовый принцип отбора в партию и в результате она потеряет авторитет у народа. Были также и другие противоречия.
Вскоре в руководстве произошел раскол. Тараки даже предложил исключить Кармаля из партии за связь с зятем короля – сардаром Абдул Вали. В ответ на это осенью 1966 г . Б. Кармаль со своими сторонниками вышел из состава ЦК и сформировал новую фракцию "Парчам" ("Знамя"), которая официально именовала себя "НДПА – авангард всех трудящихся". Сторонники же Н. М. Тараки стали называться "НДПА – авангард рабочего класса", а в афганском обществе были известны как "Хальк" ("Народ").
По существу, это были две разные партии со своими руководящими органами, печатью и членством, хотя они на словах и признавали цели и задачи, провозглашенные первым съездом НДПА, программу и устав. Осенью 1966 г . с Б. Кармалем ушли и три других члена ЦК – Д. Панджшери, Ш. Шахпур, С. Кештманд, а также кандидаты в члены ЦК НДПА А. Х. Шараи, С. Лаек, Б. Шафи, А. В. Сафи, Н. А. Hyp (Панджваи).