Начались вооруженные выступления. Уже при Дауде в приграничных с Пакистаном областях действовали банды, численностью до нескольких десятков человек. В основном они занимались грабежами, с подразделениями правительственных войск боя не принимали. Теперь же уже были и стычки и с армией, хуже того – начались бунты в самой армии. Прежде всего это было связано с междоусобной борьбой в армии, когда победившие халькисты принялись всячески принижать парчамистов, стоявших с ними в одном ряду во время борьбы с режимом Дауда. И это при том, что среди среднего офицерского звена афганской армии парчамистов было немало.
В июне 1978 г . произошли вооруженные мятежи в провинциях Бадахшан, Нанхагар, Бамиан, Кунар, Пактия. Во главе этих мятежей были помещики, у которых отбирали землю, буржуазия, которая не могла примириться с властью сына скотовода и высшее исламское духовенство, с которым правительство умудрилось поссориться. Новое правительство не приняло всерьез этот первый звонок, не попыталось ни в чем разобраться, решило что проблему можно решить силовым путем и двинуло против восставших армию. Активно применялась артиллерия и авиация, в результате чего разрушались кишлаки, уничтожался урожай, разрушалось главное в жизни крестьян – кяризы (прим автора – оросительные системы, вручную выкопанные тоннели в земле, по которым текла вода. Без кяризов, сельское хозяйство в Афганистане практически невозможно ). Опыта проповедей у духовенства, учившегося в лучших медресе было гораздо больше, чем у правительственных агитаторов, и ему удалось придать вооруженному мятежу ярко выраженную исламскую окраску. Правительство ввело воинские части даже туда, где они никогда не появлялись – в зону расселения свободных пуштунских племен.
Активизировалась и исламистская оппозиция, основной базой которой стал Пакистан. Ведь и режим короля и режим Дауда, несмотря на уважение ислама, были все-таки светскими и первая попытка установить в Афганистане теократическую власть пришлась на 1975 год. Исламское восстание в стране произошло в 1975 г . и окончилось неудачей, после чего его лидеры и многие представители духовенства, поддержавшие восстание были вынуждены бежать в основном в тот же Пакистан. Именно тогда исламское подполье Афганистана в изгнании, связанное с международной организацией "Братья мусульмане", объединилось под руководством Гульбеддина Хекматияра в партию "Хезб ислами-е-Афганистан" ("Исламская партия Афганистана"). В числе прочих членов партии были Бурхануддин Раббани, Мухаммед Юнус Халес, Сайд Мансур, Джелалуддин Хакани, Ахмад Шах Масуд и прочие. Единственной организацией, оформившейся в партию, имеющей тесные связи с международными экстремистскими структурами и готовой сражаться за освобождение Афганистана от шурави, оказалась именно Исламская партия Афганистана. Впрочем, амбиций у лидеров ИПА было не меньше, чем у лидеров НДПА и поэтому скоро из партии вышел Раббани (