Бывало, что конфликт между ведущими деятелями внутри одной общины приводил к тому, что один из них вынужден был менять свое местожительство и на новом месте проповедовать свои взгляды. Известно, например, что один из крупнейших христианских писателей Ориген (конец II — первая половина III в.), возглавлявший александрийскую христианскую школу, вступил в конфликт с александрийским епископом Деметрием, претендовавшим на контроль за деятельностью всех христианских общин Египта и школы в том числе. Ориген вынужден был уехать в палестинский город Кесарию; там он продолжал развивать свою религиозно-философскую систему.
Противоречия между разными группами североафриканских христиан привели после гонений времен императора Деция к расколу внутри африканской церкви: часть христиан выступила против примиренческого отношения к «падшим» христианам. Еще более глубокий раскол произошел в Северной Африке после гонений начала IV в. при императоре Диоклетиане, когда возникло движение сторонников епископа Доната, вылившееся затем в вооруженные выступления низов населения.
Конфликты внутри христианских общин питали борьбу между руководителями разных общин. Так, римский епископ Стефан отказался вести какие бы то ни было переговоры с карфагенским епископом Киприаном. В свою очередь Киприан обвинял своих противников в нечестии, стяжательстве и других грехах.
В ходе подобных конфликтов руководители христиан стали обращаться за помощью к римским властям и даже к императорам. Весьма показательна в этом отношении история сирийского епископа Павла, происходившего из города Самосаты.[32] Он пользовался покровительством правительницы города Пальмиры Зиновии. Его богословские взгляды на человеческую природу Иисуса приближались к иудеохристианским и существенно отличались от принятых в ортодоксальных церквах. Руководители этих церквей ничего не могли сделать с Павлом и обратились за помощью к императору Аврелиану. Аврелиан лишил Павла его сана и постановил, что право на руководство церковью будет только за тем, кому напишут епископы Рима и Италии. В таком решении императора сыграли роль, конечно, политические мотивы (теологические споры христиан о природе Иисуса его вряд ли интересовали): он только что разбил Зинобию и рад был сместить покровительствуемого ею епископа, а кроме того, он, вероятно, хотел получить поддержку христианских руководителей столицы. Эпизод с вмешательством Аврелиана показывает, что христианская церковь была, по существу, готова пойти на союз с государством. Чтобы утвердить единство христианского вероучения и власть церковной иерархии, необходимо было использовать силу «вавилонской блудницы», гибели которой так страстно желали первые христиане.