Борьба с монтанизмом, как и борьба с гностическими учениями, ускорила создание христианского канона — списка священных книг. Фрагмент одного такого списка, составленного в Риме около 200 г., дошел до нашего времени.[30] Важно было также добиться координации действий между отдельными епископальными общинами. После соборов, осудивших сторонников Монтана, съезды епископов отдельных областей превращаются в важный фактор становления христианской догматики и церковной организации. В III в. особое положение среди епископов той или иной провинции стал занимать епископ общины из главного ее города, который считался как бы первенствующим над остальными епископами и мог созывать поместные соборы. К началу IV в. выделились епископы Рима, Александрии, Антиохии, которые получили юрисдикцию над клириками больших округов. После основания Константинополя такое же положение занял и епископ этого города. Ведущие епископы стали называться митрополитами (от греч. metrpolites — человек из главного города, метрополии). Наименование римского епископа «папой» распространяется с V в. Параллельно с усложнением иерархии высших служителей церкви увеличивается и число различных низших ее чинов: появляются помощники дьяконов, чтецы, разнообразные служки. Церковь превращается в иерархичную многоступенчатую организацию, в которой низшие чины зависят от высших. Но единства в этой организации по-прежнему не было: епископы не обладали таким аппаратом принуждения, с помощью которого можно было бы заставить повиноваться себе всех верующих. Должность епископа в течение всего III в. была выборной, хотя кандидатов на эту должность выдвигали пресвитеры и кандидатуры согласовывались с епископами соседних областей, которые должны были совершать рукоположение. Борьба за должность епископа была, как правило, очень острой. Единодушие при выборах рассматривалось как знак особой милости божией. Сохранилось предание, что один из римских епископов III в. — Фабиан был единодушно выбран потому, что ему на голову сел голубь и это сочли божественным знамением. Но случаи подобного единодушия были редки. Известна борьба, которую вели за место епископа в Риме в начале III в. Каллист и Ипполит: когда первый был избран епископом, не признавшие его христиане избрали другого епископа, Ипполита. Эти клирики по-разному относились к ряду важнейших вероучительных и этических вопросов. К первым относился вопрос о сущности Иисуса Христа и об его отношении к богу-отцу.[31] Ипполит и его сторонники настаивали на абсолютной божественности Иисуса (Отец и Сын — два образа божества), за что их обвиняли в отступлении от монотеизма. Не менее существенным было и разногласие между епископами в отношении норм поведения верующих: Ипполит выступал за более аскетические принципы, против дозволения, данного Каллистом, на брачную связь незамужней женщины и раба. Борьба их так ничем и не кончилась: оба погибли во время очередных гонений.