Главной целью Маркиона был полный разрыв с иудаизмом, очищение христианского учения от отголосков иудаизма и от апокалипсических настроений первых христиан, ждавших конца света и наступления царства божия на земле. Поражение восстания 132-135 гг. было для него поражением иудеохристианства. Маркион, по-видимому, впервые выдвинул идею необходимости отбора «священных» книг — именно для того, чтобы изгнать из христианства неугодные ему идеи и чтобы сплотить все христианские группировки. Он создал собственное евангелие (на основе Евангелия от Луки) и распространял отредактированные им десять посланий Павла. Он написал также сочинение «Антитезы», в котором обосновал сущность своего учения и оправдывал свое произвольное обращение с уже созданными «священными» книгами тем, что они были искажены, а он возродил подлинный, боговдохновенный текст. В частности, он утверждал, что Евангелие от Луки подверглось обработке со стороны защитников иудейства, которые вставили туда цитаты из своих «священных» книг. Это утверждение Маркиона, как и его собственная редакторская деятельность, между прочим, еще раз доказывает, что различные переделки, вставки, изменения в христианских сочинениях были достаточно распространены во II в. Недаром Цельс упрекал христиан в том, что они по многу раз переделывали свои «священные» книги, а Лукиан называл бродячего философа-киника Перегрина автором многих христианских книг.
Писания Маркиона до нас не дошли (впоследствии церковь не признала их), но содержание его учения и евангелие можно восстановить на основании цитат, которые приведены в произведениях его противников. В маркионовском варианте Евангелия от Луки отсутствовали легенды о рождении Иисуса и Иоанна Крестителя. Его Иисус не был сыном Марии, выросшим в доме плотника Иосифа. Он прямо сошел с небес в пятнадцатый год правления Тиберия, появился в Капернауме и выступил с проповедью сначала в синагоге этого города, а затем Назарете. Маркион, таким образом, отрицал человеческую природу Иисуса. В этом вопросе его взгляды были близки группе докетов, которые считали земное существование Иисуса только кажущимся. Никаких мучений Иисус — воплощенный логос — претерпеть не мог. Маркиону был чужд образ Иисуса, созданный первыми христианами, того Иисуса, который «из-за слабых был слаб, из-за голодных голодал, из-за жаждущих испытывал жажду», как сказано в одном из ранних апокрифических сочинений. Маркион выступил против признания иудейской Библии (Ветхого завета). Если Иисус — посланник божий, то уж во всяком случае не иудейского бога Яхве, которого Маркион объявил носителем злого начала. Ириней писал о Маркионе: «Он бесстыдным образом богохульствует против проповеданного законом и пророками бога, говоря, что он — виновник зла, жаждет войны, непостоянен в своих намерениях и сам себе противоречит. Иисус же происходил от того отца, который выше бога, творца мира…» («Против ересей», 1:27, 2).