Учение Евангелия Филиппа — для избранных, для тех, кто способен соединиться с логосом. Этические проблемы, вопросы добра и зла, по-настоящему не волнуют его автора, хотя он, признавая себя христианином, не мог полностью обойти эти проблемы, столь остро стоявшие перед многими его современниками. Косвенно он выступает против аскетизма, проповедуемого некоторыми группами христиан, затрагивает и вопрос о существовании зла. Как и подобает христианину, он призывает уничтожить зло до корня в своем сердце, «но оно будет уничтожено, когда мы познаем его». Таким образом, без гносиса — мистического познания — невозможно уничтожение зла, и сам факт познания означает гибель зла. Для автора этого евангелия нет хороших и дурных поступков, нет хороших и плохих людей, ибо добро не может существовать в этом мире отдельно от зла: «Свет и тьма, жизнь и смерть, правое и левое — братья друг другу. Их нельзя отделить друг от друга. Поэтому и хорошие не хороши, и плохие — не плохи, и жизнь — не жизнь, и смерть — не смерть. Поэтому каждый будет разорван в своей основе от начала. Но те, кто выше мира, — неразорванные, вечные». Проблемы этики, таким образом, переводятся в область мистического переживания, отрываются от поведения людей в реальной жизни.
Какое же место в этом учении занимает образ основателя христианства? Иисус — это логос, который пришел спасти «некоторых» (т. е. тех, кто способен обрести гносис). Эта мысль ясно выражена в образном сопоставлении слепого и находящегося в темноте: «Если приходит свет, тогда зрячий увидит свет, а тот, кто слеп, — останется во тьме».
Земное существование Иисуса — лишь преображение мистического логоса. В Евангелии Филиппа сказано, что «он открылся так, как можно было видеть его… он открылся великим как великий, он открылся малым как малый, он открылся ангелам как ангел, и людям как человек». Автор евангелия признает воскресение Иисуса во плоти, но это некая «истинная плоть», в то время как плоть, в которой существуют люди, плоть неистинная. Ко времени написания Евангелия Филиппа уже появился миф о непорочном зачатии Иисуса от духа святого. Филипп специально останавливается на критике этого утверждения: «Некоторые говорили, что Мария зачала от духа святого. Они заблуждаются… Когда бывало, чтобы женщина зачала от женщины?» Последнее возражение основано на том, что в Евангелии Филиппа святой дух — женское начало, как и в тех не дошедших до нас христианских текстах, которые были написаны на арамейском языке (как уже говорилось, в арамейском языке святой дух женского рода). В качестве дополнительного аргумента приводятся слова Иисуса: «Отец мой, который на небесах». Автор евангелия пишет, что Иисус не сказал бы этих слов, если бы у него не было другого отца, он просто сказал бы «Отец мой». Полемика с догматом о непорочном зачатии показывает, что этот догмат появился сравнительно поздно. Он не был освящен древней традицией, и поэтому против него выступали многие христиане. Ясно также, что этот миф мог возникнуть только среди людей, не говоривших по-арамейски, т. е. за пределами Палестины.