В Евангелии Фомы вместо «царства божия» обычно фигурирует просто «царство», или «царство отца», или, реже, как в Евангелии от Матфея, «царство небесное». Уже в первых речениях автор полемизирует с представлениями о царстве божием, как о чем-то конкретном во времени и пространстве: «Иисус сказал: если те, которые ведут вас, говорят вам: «Смотрите, царствие в небе!» — тогда птицы небесные опередят вас. Если они говорят вам, что оно в море, тогда рыбы опередят вас. Но царствие внутри вас и вне вас». В этом отрывке в уста Иисуса вложены слова, направленные против наивной веры народных масс в земные формы царства божия, в осязаемую награду, которую они получат на земле или на небе за те несчастья, что выпали им на долю. Слова «те, которые ведут вас» намекают на то, что учение о царствии небесном — не общепринятое исконное христианское представление, а взгляды руководителей отдельных христианских общин. В конце Евангелия Фомы снова говорится о царстве божием, но теперь поднимается вопрос о сроках его наступления: «Ученики его сказали ему: В какой день царствие приходит? Иисус сказал: Оно не приходит, когда ожидают. Не скажу: Смотрите там! Но царствие Отца распространяется по земле, и люди не видят его». Таким образом, в мучительных для христиан спорах о царстве божием, которые отражены и в новозаветных произведениях, автор Евангелия Фомы и те, чьи взгляды он отражал, заняли особую позицию: царство божие — это извечно существующая божественная сущность (то же самое, что «свет» или «истина» в других гностических сочинениях). Оно вне людей, но оно и в них, и только внутри себя они могут обрести его. Эта мысль повторяется и в другом речении евангелия. Ученики просят воскресшего Иисуса указать место, где он находится, на что тот отвечает: «Есть свет внутри человека, и он освещает весь мир. Если он не освещает, то — тьма». Итак, автор Евангелия Фомы выступает против конкретных, предметных представлений о царстве божием и об Иисусе, который «сам и есть свет». Такая трактовка царства божия была порождена кризисом апокалиптических настроений, связанных с ожиданием скорого второго пришествия и страшного суда. Кризис этот неизбежно должен был наступить при столкновении религиозных идей с реальной действительностью. Царство божие, согласно Евангелию Фомы, вне времени и пространства, и обрести его может только тот, в ком заложен свет.
Сам Иисус в этом произведении исполнен тайны. Идея о невыразимости сущности Иисуса присутствует в. эпизоде, где Иисус спрашивает учеников, кому он подобен. Петр сравнивает его с ангелом, Матфей — с мудрым философом, Фома же говорит: «…мои уста никак не примут сказать, на кого ты похож». Тогда Иисус сообщает ему тайно некие слова, которые тот не решается передать другим ученикам. В этом эпизоде отразились споры о природе Иисуса, которые велись в христианстве в период создания первых евангелий. Сравнение Петра связано с представлениями о божественной сущности Иисуса; Матфей видит в нем человека, как видели в Иисусе человека, например, эбиониты. В ответе Фомы отражен гностический взгляд на сущность Иисуса, которая якобы не поддается определению и не нуждается в нем. Эту сущность можно передать только символически, и символ ее в Евангелии Фомы — разлитый повсюду свет. Интересно в этом отношении, как использован в Евангелии Фомы логий о повсеместном присутствии Иисуса. В упоминавшемся выше папирусном фрагменте этот логий выглядит так: человек не одинок «и где будет один сам с собою, я с ним. Подними камень, и там найдешь меня, рассеки дерево — и там». В Евангелии Фомы словам о камне и дереве предшествует совсем иная фраза, характеризующая сущность Иисуса: «Я — свет, который на всех. Я — все: все вышло из меня и все вернулось ко мне». Здесь мы видим типичное для всех евангелистов обращение с традицией: берутся знакомые слова и вставляются в контекст, меняющий их смысл, или к известным словам прибавляется соответствующее толкование — и поучение приобретает совсем иную направленность. Создатели христианских «священных» книг не только почитали себя вправе поступать так с тем, что они услышали от проповедников или прочитали в более ранних записях, но видели свою заслугу именно в том, что давали «истинное» понимание традиционных речений и преданий, их «единственно правильное» истолкование.