Евангелие Фомы имеет большое значение для изучения не только воззрений египетских гностиков, но и становления христианской традиции, в том числе и новозаветной. Как и другие хенобоскионские находки, Евангелие Фомы представляет собой перевод на коптский язык с более раннего греческого источника, записанного, вероятно, если не в конце I в., то в самом начале II в. Оно создавалось приблизительно в то же время, что и канонические евангелия, и восходит к тем же устным и письменным источникам. По-видимому, это евангелие было одной из самых ранних попыток обработать в духе учения о логосе раннехристианскую традицию об Иисусе и его речениях. Оно было известно христианским писателям более позднего времени. Цитату из него приводит, например, Ориген. Вероятно, оно было распространено и за пределами Египта, во всяком случае за пределами группы гностиков, нашедших убежище в древнем Хенобоскионе. Название евангелия стоит в конце рукописи.
Евангелие начинается словами: «Это тайные слова, которые сказал Иисус живой и которые записал Дидим Иуда Фома». Таким образом, с самого начала подчеркивается свойственное гностикам представление о тайности учения Иисуса. Тот, кто обретет истолкование этих слов, не вкусит смерти. Характерно, что спасение, бессмертие обретается не через веру или добрые дела, но через истолкование, «познание» скрытого смысла речений. Итак, уже во вступлении к евангелию читатель предупреждается, что он не должен останавливаться на прямом восприятии написанного, а должен найти особый, невидимый поверхностному читателю смысл его. По существу, при всей своей внешней разнородности, Евангелие Фомы представляет собой попытку дать достаточно цельное гностическое толкование широко известным среди христиан поучениям, которые связывались с именем основателя христианства. Однако автор Евангелия Фомы не только дает возможность перетолкования этих поучений, вводя в них скрытый смысл, но и прибегает к прямой полемике с теми положениями учения отдельных христианских групп, которые он не разделяет.
Существенное место занимает в этом евангелии вопрос о царстве божием. Уже сам этот факт указывает на раннюю дату создания евангелия. Оно появилось в то время, когда среди христиан разных направлений одним из главных вопросов был вопрос о вознаграждении всех страждущих в царстве божием. Когда наступит это царство? Наступит ли оно на земле, или нужно ожидать награды на небесах после смерти, и что в таком случае представляет собой этот небесный рай — вот что волновало тогда приверженцев новой религии.