Не менее острые споры велись и вокруг сущности Иисуса: представление иудеохристиан о праведном человеке, сыне Марии и плотника Иосифа, для большинства христиан сменилось представлением о богочеловеке, родившемся благодаря непорочному зачатию. Но были во II в. и группы христиан, которые видели в Иисусе только божество и считали его пребывание на земле в образе человека лишь кажущимся (это учение проповедовали христиане-докеты). В дальнейшем эти споры переросли в споры об отношении Иисуса к богу-отцу, о совместимости существования бога-сына с догматом единобожия (споры, которые привели в конце концов к принятию ортодоксальной церковью догмата о Троице). Многие из этих теологических споров были чужды основной массе верующих, которая продолжала воспринимать христианство прежде всего как религию откровения, но полемика между проповедниками, взаимные обвинения в нечестии не могли не влиять и на настроения рядовых христиан.
Практически для всех христиан важны были вопросы этики, поведения их в окружающем мире, отношения к государству, к язычникам, друг к другу, к аскетическим требованиям ранней христианской традиции. Одним из острых вопросов было поведение во время гонений, отношение к «падшим» (т. е. отрекшимся) и к мученикам. Можно ли прощать отрекшихся? И кто вправе их простить? Нужно ли искать мученичества? Страстная вера первых христиан в то, что достичь царства божия можно, только пройдя через испытания, толкала наиболее фанатично настроенных верующих на добровольные муки. Но звучали и голоса, которые утверждали, что «напрашиваться» на мученическую смерть — означает совершать самоубийство. Ответы на все эти вопросы далеко не всегда можно было найти в почитавшихся данной христианской группой писаниях, тем более что многие из них создавались на глазах у этого поколения верующих. Насколько остро стоял вопрос об авторитете среди христиан II в., показывает фраза из письма, автором которого традиция считает Игнатия (начало II в.). В письме, адресованном христианам Филадельфии, Игнатий пишет о том, что некоторые христиане говорят ему: «Если я не найду этого в древности (древней традиции), я не поверю в евангелие; а когда я говорю, что это действительно написано в наших древних писаниях, они отвечают: «Это нужно доказать». В данном случае, если судить по единственному числу слова «евангелие», речь идет, по-видимому, о содержании христианской проповеди («благой вести» — евангелия), подтверждения которой верующие искали в древней традиции, не всегда совпадавшей с тем, чему учил их епископ (более подробно о позиции Игнатия будет сказано ниже).