Между тем в Кремле Сталин и Молотов уже тщательно прорабатывали сценарий «территориально-политического переустройства» Эстонии и Латвии: им планировалось сделать предложения, от которых они просто не смогли бы отказаться. «Железо было горячо», и Вождь «ковал», куда там Гитлеру. Первой на очереди была «маленькая миролюбивая Эстония».
Формальной причиной для оказания на нее политического давления стал инцидент с польской подводной лодкой «Орел».
С началом боевых действий все пять субмарин ВМС Польши вышли на боевое патрулирование в выделенные им сектора Данцигской бухты с задачей воспрепятствовать высадке германских морских десантов в районе Хеля. Подводникам, поставленным собственным командованием в самые неблагоприятные условия, пришлось действовать на ограничивающем возможности маневрирования мелководье при полном господстве сил противника на море и в воздухе. При этом полученные командирами инструкции запрещали им торпедировать не имеющие вооружения немецкие транспорты без предварительного уведомления. В итоге, подвергнувшиеся неоднократным атакам и получившие повреждения, никаких боевых успехов польские лодки не добились, а 14 сентября им было приказано по исчерпании ресурсов прорываться в Англию или идти к берегам Швеции.
Ночью 15 сентября в Таллинскую гавань под предлогом неисправности механизмов вошла подводная лодка «Орел». На самом деле причиной тому послужили признаки тифа, выявленные у командира лодки капитана 3 ранга Х. Клочковского. Однако, согласно международным правилам, только авария либо бедствие могли служить достаточным основанием для захода боевого корабля одной из воюющих сторон в порт нейтрального государства, позволяя при этом избежать интернирования. Клочковского немедленно поместили в госпиталь. На следующий день, несмотря на протест польской дипломатической миссии, эстонские власти, стремясь к неукоснительному соблюдению своего нейтралитета, объявили, что лодка будет интернирована. На борт поднялись жандармы и военные моряки, приступившие к разоружению судна. Были изъяты замки орудий, артиллерийские снаряды, часть торпедного боезапаса, навигационные приборы, карты и книги; выставлены эстонские часовые. Экипаж с этим решением не смирился и под руководством старшего помощника Яна Грудзинского и минера Анджея Пясецкого разработал план побега. В ночь с 17 на 18 сентября «Орел» вырвался из плена и скрылся в неизвестном направлении, имея на борту шесть торпед, которые эстонцы не успели выгрузить.
Скандал разразился грандиозный. В Таллине началось громкое расследование с поисками виновных. Берлинские газеты писали о замученных и утопленных коварными поляками эстонских часовых. Но больше всех за свое судоходство «перепугался» Советский Союз. Москва обвинила власти Эстонии в попустительстве бегству «Орла», а также объявила, что, по данным достоверных источников, в гаванях Балтийских стран, пользуясь тайной поддержкой правительственных кругов, скрываются не только польские, но и подводные лодки «других известных государств».