Начало ввода войск в установленные районы было намечено на 18 октября 1939 года. Переброска могла производиться как автомобильным, так и железнодорожным транспортом по графикам, составленным по обоюдному соглашению. Охрану путей и дорог обеспечивало правительство Эстонии, охрана войск, перебрасываемых на острова, возлагалась на флот СССР. Было оговорено, что для строительства казарм и аэродромов эстонская сторона окажет содействие в наборе рабочей силы, а также в приобретении строительных механизмов. Запретные зоны для полетов военных самолетов СССР над территорией Эстонской Республики устанавливались штабом эстонской армии.
Отдельный протокол оговаривал условия базирования советского флота на островах. Решили, что объекты ВМФ будут обслуживаться и охраняться соответствующим штатным составом, а для защиты районов базирования от нападения с моря и с воздуха предоставлялось право постройки береговых и зенитных батарей любых калибров, постов наблюдения и связи, прожекторов. Эстонские торговые корабли могут беспрепятственно заходить на все рейды и гавани, кроме Кыйгусте, а легкие силы Балтфлота до возведения необходимой инфраструктуры на островах – базироваться в порту Рохукюла. Был оговорен порядок снабжения и посещения судами третьих стран районов базирования флота, причем полностью сохранялся суверенитет Эстонии, но учитывались и интересы советского флота. Отдельно подписали протокол соглашения «о сохранении военной тайны», устанавливавший цензуру на публикации в прессе сведений о дислокации и перемещении воинских частей.
Любопытно, что в составе советской комиссии не оказалось ни одного юриста, ни представителей наркомата иностранных дел, ни приличного переводчика. Поэтому Мерецков, докладывая Ворошилову об итогах работы, просил «более тщательно проверить эстонский текст».
В соответствии с этими договоренностями уже 12 октября в Таллин прибыл отряд советских военных кораблей под командованием капитана 1 ранга Птохова в составе лидера «Минск», эскадренных миноносцев «Гордый» и «Сметливый».
Оставшиеся до ввода войск дни обе стороны провели в лихорадочной подготовке к знаменательному событию. Главнокомандующий Лайдонер 15 октября обратился к народу Эстонии с оптимистической речью, в которой отметил, что работа по реализации Пакта о взаимопомощи проводилась в атмосфере взаимного доверия и понимания, и он надеется, что население встретит войска Красной Армии спокойно и все отношения будут строиться на взаимном доверии. В заключение министр сказал: «Мы связали судьбу своего государства и своего народа в некотором смысле с Пактом о взаимопомощи с Советским Союзом, который в связи с этим вновь подчеркнул неизменность своей мирной политики и желание продолжать ее… Мы хотим прямо и откровенно выполнять этот пакт и уверены, что его также выполнит и Советский Союз. Мы знаем, что косвенные трудности войны все же легче переносить, чем ужасы и убытки на непосредственном поле брани. Весь народ должен быть готов нести жертвы, и понятно, что большую часть придется понести зажиточным слоям. Пойдем единодушно навстречу будущему, продолжая работу на благо своего государства, народа и отечества».