Общее руководство всеми советскими войсками в Прибалтике согласно приказу наркома обороны от 27 ноября было возложено на его заместителя командарма 2 ранга А.Д. Локтионова.
Ввод частей Красной Армии в Прибалтику породил у некоторых слоев местного населения радикальные «советизаторские» настроения, которые в определенной степени нашли отклик у советских военных и дипломатов. Однако Москва, не желая обострять отношения с Англией и Францией и готовясь сделать столь же неотразимые предложения Финляндии, демонстрировала свое полное невмешательство во внутренние дела прибалтийских стран. Поэтому все инициативы романтиков революции, в общем-то, правильные, но преждевременные, а потому вредные, вызывали резко отрицательную реакцию советского руководства. Так, 14 октября Молотов указывал полпреду в Каунасе Н.Г. Позднякову: «Всякие заигрывания и общения с левыми кругами прекратите». 21 октября нарком иностранных дел еще раз напомнил, что «малейшая попытка кого-либо из вас вмешаться во внутренние дела Литвы повлечет строжайшую кару на виновного… Следует отбросить как провокационную и вредную болтовню о «советизации» Литвы». 20 октября недовольство Кремля вызвало недомыслие корреспондента ТАСС в Таллине, своими статьями игравшего «на руку всяким антисоветским провокаторам», и полпред Никитин получил указание давать твердый отпор «вредным настроениям», которые можно истолковать как намерение «советизировать» Эстонию. 23 октября Никитин вновь получил от Молотова по шапке: «Нашей политики в Эстонии в связи с советско-эстонским Пактом о взаимопомощи Вы не поняли. Из Ваших последних шифровок… видно, что Вас ветром понесло по линии настроений «советизации» Эстонии, что в корне противоречит нашей политике. Вы обязаны, наконец, понять, что всякое поощрение этих настроений насчет «советизации» Эстонии или даже простое непротивление этим настроениям на руку нашим врагам и антисоветским провокаторам… Главное, о чем Вы должны помнить, – это не допускать никакого вмешательства в дела Эстонии».
Командования 65, 2 и 16-го особых стрелковых корпусов 25 октября получили приказы наркома обороны «О поведении личного состава воинских частей Красной Армии, расположенных в…».
Согласно приказам «авангардный заслон» РККА на территориях дружественных республик должен был заниматься исключительно боевой подготовкой, демонстрировать аборигенам свои высокие морально-политические качества и являть собой образец организованности, культурности и дисциплинированности. Советским войскам, «от рядового красноармейца до высшего начсостава», категорически запрещалось вмешиваться «в политические дела и социальный строй» Эстонии, Латвии и Литвы, а «настроения и разговоры о «советизации», если бы они имели место среди военнослужащих», предписывалось «в корне ликвидировать и впредь пресекать самым беспощадным образом». Ведение коммунистической пропаганды за забором воинской части, «хотя бы среди отдельных лиц», расценивалось как антисоветская провокация, играющая на руку лишь злейшим врагам социализма. Всемерно ограничивались контакты военнослужащих с местным населением.