Между тем военные деловито осваивали ТВД.
20 июня в Москве было утверждено особой важности постановление Комитета Обороны при СНК СССР «Об утверждении организации КБФ и мероприятиях по усилению обороны западных районов Финского залива», которым намечались меры «для создания организации ПВО на полуострове Ханко и обеспечения строительства береговой обороны на островах Эзель, Даго и южном побережье Ирбенского пролива». В соответствии с этим постановлением и последующими приказами наркома ВМФ главной базой Балтийского флота становился Таллин. Командиром базы стал командующий КБФ вице-адмирал В.Ф. Трибуц.
21 июня командующий войсками Белорусского округа Павлов направил наркому обороны служебную записку на предмет «утилизации» прибалтийских армий:
«Существование на одном месте частей литовской, латвийской и эстонской армий считаю невозможным. Высказываю следующие предложения.
Армии всех трех стран разоружить и оружие вывезти в Советский Союз. Или после чистки офицерского состава и укрепления частей нашим комсоставом допускаю возможность на первых порах или в ближайшее время использовать части литовской и эстонской армий вне БОВО, примерно – против Во всех случаях латышей считаю необходимым разоружить полностью.
После того как с армиями будет покончено, немедля (48 часов) разоружить все население 3 стран. За несдачу оружия расстреливать. К вышеперечисленным мероприятиям необходимо приступить в ближайшие дни, чтобы иметь свободу рук для основной мобилизационной подготовки округа.
Для проведения вышеуказанных мероприятий БОВО готов, лишь прошу приказ по мероприятиям дать за 36 часов до начала действий».
Однако национальные армии «суверенных» государств решили пока не трогать. Через месяц выйдет директива наркома обороны о преобразовании армий прибалтийских республик и постепенной трансформации в обычные стрелковые корпуса Красной Армии численностью в 15–16 тысяч человек каждый:
«…существующие армии в Эстонской, Латвийской и Литовской ССР сохранить сроком на 1 год, очистить от неблагонадежных элементов и, преобразовав каждую армию в стрелковый территориальный корпус, имея в виду, что начсостав закончит за этот срок усвоение русского языка и военную переподготовку, после чего территориальные корпуса заменить экстерриториальными, формируемыми на общих основаниях.
Корпусам присвоить наименования:
а) эстонскому корпусу – 22-й стрелковый корпус;
б) латвийскому корпусу – 24-й стрелковый корпус;
в) литовскому корпусу – 29-й стрелковый корпус».