С этого момента Рыдз-Смиглы военными действиями фактически не руководил. Как внезапно выяснилось, Брестская крепость оказалась совершенно не приспособлена к работе Главной квартиры. Во-первых, в честь прибытия высокого начальства немецкие летчики разбомбили городскую гостиницу, а в казематах пятого форта не оказалось совершенно никаких удобств для польских стратегов, во-вторых, в Бресте не было связи. Ни с кем. Привезенную радиостанцию использовать было нельзя, поскольку шифры и коды для переговоров с войсками забыли в Варшаве. Через двенадцать часов удалось установить телефонную связь с армией «Люблин» и недолго поговорить со штабом оперативной группы «Нарев». Наконец, по железной дороге доставили шифры, но к этому времени радиостанция работала только на прием.
Соответственно, и управляло польское Верховное командование методом «ступенчатой апроксимации». Оставшийся в Варшаве с группой операторов начальник Главного штаба генерал бригады Вацлав Стахевич получал от войск донесения, периодически теряя и восстанавливая с ними ненадежную связь, и по забитым беженцами дорогам посылал курьеров в Брест. Здесь Рыдз-Смиглы принимал решение, которое по телефону передавалось в штаб Пинской флотилии. Моряки, имевшие коротковолновую радиостанцию, связывались со штабом польского флота в Варшаве, и уже оттуда руководящие указания доводились до Стахевича. Принимаемые решения безнадежно устаревали, а зачастую вовсе не доходили до исполнителей. Министр Бек советовал как можно скорее перебраться во Львов, имевший неплохую систему ПВО, развитую сеть коммуникаций, мощную радиостанцию и связь с заграницей через Румынию, но маршалу, стремившемуся быть поближе не к войскам, а к правительству, идея не понравилась. Французский представитель при польской Ставке сообщал: «Здесь царит полнейший хаос. Главное польское командование почти не имеет связи с воюющими армиями и крупными частями… Не имеет ровно никакой информации о продвижении неприятеля, и даже о положении своих собственных войск очень неполно или вовсе не информировано. Генеральный штаб распался на две части».
Все это подрывало обороноспособность польских войск. Командиры соединений вынуждены были принимать самостоятельные решения, не зная намерений соседей и высшего командования. Как отмечал Мюллер-Гиллебранд, поляки сражались «храбро и ожесточенно», однако «немецкое командование в результате применения новой тактики массированного использования танковых и моторизованных соединений часто ставило польское командование перед такими трудностями, с которыми последнее не в состоянии было справиться». Фронт распадался.