Еще более усложнилась работа ЗРК с началом применения противорадио- локационных ракет «Шрайк». В качестве их носителей использовались насыщенные аппаратурой радиоразведки и радиопротиводействия самолеты F-4E Wild Weasel. Сама ракета «Шрайк» в абсолютном большинстве случаев не наблюдалась на экранах СНР из-за ее малой ЭПР. Ее пуск фиксировался по изменению формы отметки от носителя на индикатор «5 км». Как правило, при этом расчету ЗРК приходилось осуществлять сброс цели, разворот антенны, после чего производилось переключение на эквивалент. В случае благоприятного временного расклада эти операции удавалось проводить не сразу, а после поражения обстреливаемого ЗРК самолета.
Очень ответственным был выбор момента пуска ЗУР. При пуске вблизи дальней границы зоны поражения американский самолет мог развернуться и благополучно уйти. При опоздании с пуском ракеты – самолет включал форсаж и успевал проскочить в «мертвую» зону, за ближнюю границу зоны поражения. В результате, наиболее целесообразным был признан выход в эфир излучением СНР при удалении цели около 40 км от ЗРК.
Помимо мер радиоэлектронной борьбы американцы широко применяли и огневое противодействие. Позиции ЗРК подверглись 685 ударами авиации. Чуть меньше половины из них производилась ракетами «Шрайк», остальные – бомбами. В 1966 г. осколками была повреждена 61 ракета, в 1967 г. – 90 ракет, из которых удалось восстановить не более половины. Всего же за годы войны, ЗРК выводились из строя 241 раз – каждый дивизион выводился из строя примерно один раз в год. Позиции менялись в среднем 10-12 раз в год, а в период наиболее напряженных боевых действий через 2-4 дня. В результате действий американской авиации из 95 поставленных Советским Союзом зенитных ракетных комплексов к 1973 г. в строю осталось 39 боевых ЗРК и 4 в учебных центрах.
В этих условиях основным и практически единственно возможным методом борьбы с самолетами стали засады. Дивизионы скрытно уходили в джунгли, разворачивались на заранее подготовленных позициях и замирали. Вопреки наставлениям, предписывающим одновременное наведение на самолет 2-3 ЗУР, бездорожье и отсутствие мостов, как правило, не позволяли ЗРК «кочевать» с полным боекомплектом, предопределяя то, что более половины целей обстреливались двумя ракетами, 6% тремя, а остальные приходилось обстреливать одной ЗУР. Каждый дивизион прикрывался 2-3 батареями 37-мм зенитных автоматов.
После развертывания ЗРК на новом месте в течение нескольких дней изучалась воздушная обстановка, районы полетов авиации, готовились данные, и лишь после этого производилась стрельба. Дальше все решали минуты. Если после пуска ракет в течение сорока минут дивизион не покидал район, то шансов уцелеть практически не оставалось. В связи с этим наибольшую эффективность приносила тактика, когда самолеты обстреливались за несколько часов до наступления темноты, в результате чего информацией о месте нахождения ЗРК американцы уже не успевали воспользоваться, а на рассвете удары по обнаруженным позициям уже не достигали своей цели.