В целом, в 1966 г. расход ракет на поражение одной цели возрос почти на порядок, достигнув по оценке советских специалистов 12-15 ЗУР на сбитый самолет. Основными причинами снижения эффективности стали трех-четырехкратное увеличение ошибок наведения при ручном сопровождении цели, единственно действенном в условиях применения мощных активных помех, ухудшение точности наведения на маловысотные цели при использовании режима наведения с боковым расположением метки цели на угломестном экране. Находившийся в 1967-1968 гг. во Вьетнаме командир полка Юрий Бошняк называл еще одну причину снижения эффективности стрельбы – большое количество падений ракет в случае их несамоликвидации или в случае незахвата, что приводило даже к людским жертвам.
Иногда падения ракет были вызваны и «нештатной» модернизацией ракет, выполнявшейся самими вьетнамцами. Получил известность случай, когда для увеличения дальности действия ракеты у нее была отключена система самоликвидации. В результате, будучи запущенной по постановщику помех F-105, она пролетела около 140 км и упала рядом с одним из вьетнамских домов, вызвав значительные разрушения.
Находившимися во Вьетнаме советскими специалистами отмечались и другие субъективные факторы, снижавшие эффективность использования ЗРК. В их числе небрежное отношение к документации, нарушения инструкций по эксплуатации, повреждения на дорогах при столкновениях. Так, за 1966 г. из-за неправильной эксплуатации было повреждено 154 ракеты, в 1967 г. – 29, но практически все ракеты силами советских и вьетнамских специалистов удалось восстановить. Постоянно терялись заглушки, устанавливавшиеся на трубке приемника воздушного давления, что приводило к попаданию внутрь влаги и пыли, и как следствие, к отказу ракеты в полете.
Значительное снижение эффективности действия СА-75 вызвало серьезное беспокойство в СССР. Осенью 1966 г. во Вьетнам приехала большая делегация военных и специалистов во главе с Главкомом войск ПВО П.Ф. Батицким. Вскоре в СССР было срочном порядке выполнено шесть опытно-конструкторских работ по совершенствованию ЗРК. В процессе выполненных доработок удалось уменьшить нижнюю границу зоны поражения до 300 м, снизить минимальную дальность поражения целей до 5 км, доработать СНР для обеспечения живучести при использовании противником ракет «Шрайк». ЗУР была оснащена новой БЧ с более широким полем разлета осколков, ставшей менее эффективной в полигонных условиях, но более пригодной в случае использования противником помех и интенсивных маневров. Удалось сократить до 30 с время реакции ЗРК.