Один из наиболее авторитетных критиков того времени, Сент-Бёв, своим откликом на роман положил начало своеобразному «медико-хирургическому» истолкованию особенностей реализма Флобера. «Сын и брат выдающихся врачей, — писал Сент-Бёв, — Гюстав Флобер держит перо, как иные — скальпель. Анатомы и физиологи, я нахожу вас повсюду».
Положительно расценил выход романа Шарль Бодлер. Тронутый отзывом, Флобер писал ему: «Вы проникли в тайники моего произведения, как будто мозг мой принадлежит вам: все понято вами и глубоко прочувствовано».
Из крупных писателей, современников Флобера, сочувственно отнеслась к нему Жорж Санд (статья в сборнике «Вопросы искусства и литературы»). Ценность книги Флобера, по ее мнению, в морально благотворном воздействии на многих реальных Бовари, живущих в обстоятельствах, сходных с изображенными в романе. Позже высокую оценку роману Флобера дали Золя и Мопассан. Последний писал в «Этюде о Флобере», что «выход в свет „Госпожи Бовари“ был революцией в литературе».
Следует отметить наличие любопытных «зигзагов» в критических оценках романа Флобера. В период Второй империи реалиста упрекали в мелочной кропотливости описаний, в кощунственном взгляде на человека, в отсутствии возвышенных идеалов у его персонажей. После Парижской Коммуны, в семидесятые годы, намечается тенденция хвалить Флобера за трезвость в подходе к действительности. Влиятельный в свое время буржуазный литературовед Брюнетьер одобряет «Госпожу Бовари» за то, что в ней изображена жизнь такой, какова она есть, без всяких «химер». Кропотливая точность описаний, бытописательство выдавались теперь за высшую добродетель художника.
В конце прошлого века, в пору роста декадентской литературы, в критике пробуждается интерес к «формальным красотам» «Госпожи Бовари», которые воспринимаются в отрыве от содержания романа. Жизнь рассматривается упадочными писателями как сырой и грубый «материал», из которого художник лепит прекрасные формы. Типично в этом смысле высказывание О. Уайльда о романе: «Из низких сентиментальных любовных интриг простоватой жены деревенского доктора в грязной деревушке Ionville-L’Abbaye, близ Руана, Гюстав Флобер сумел создать классическое, образцовое по стилю произведение» («Критик как художник»).
К нашим дням накопилась богатая количественно литература о Флобере. Много места занимает в ней вопрос о прототипах романа, указание совпадений в деталях между «Бовари» и юношескими произведениями. В новейших буржуазных исследованиях о романе Флобера шедевр писателя часто рассматривается как банальная мещанская история.