«Госпожа Бовари» печаталась в журнале «Парижское обозрение» в последние месяцы 1856 года. Флобер выразил свое возмущение тем, что редакторы журнала делали в тексте романа сокращения; они обосновывали эти купюры соображениями художественного и цензурного характера. «Парижское обозрение» было на подозрении у правительства как один из органов печати либерального направления. Печатание романа в журнале привлекло внимание властей. Автор романа, издатель и типограф были привлечены к суду за «оскорбление общественной морали, религии и добрых нравов».
Защищал роман, по поручению Флобера, адвокат Сенар, друг отца писателя. Прокурор Пинар обрушился в своей речи на Флобера, обвиняя его в пропаганде безнравственности, в прославлении адюльтера. Прокурор обвинял писателя в том, что его роман подрывает уважение к религии, так как в нем выведен в отрицательном виде служитель церкви. Пинар указывал, что источником безнравственных идей и описаний в литературе является реализм, связанный с духом демократии. Сенар же в своей речи подчеркивал нравственно положительную и религиозную направленность в образе мыслей Флобера, ссылался в оправдание писателя на примеры из французской классической литературы, отмечал безупречную репутацию семьи романиста и т.п. Флобер предоставил Сенару возможность распространяться насчет его благонадежности, хотя в действительности он, столь ненавидевший буржуазные порядки, был далек от «благонадежности». Постановлением суда с Флобера были сняты предъявленные ему прокурором обвинения, но, как выразился Флобер по этому поводу, «удар был нанесен».
Писателя потряс факт судебного разбирательства как проявление чудовищного «социального лицемерия».
Отклики многих критиков на роман были откровенно враждебными. За Флобером одни отрицали какую бы то ни было оригинальность, объявляли его подражателем Готье, Бальзака и других, иные расценивали «Госпожу Бовари» как одну из самых безнравственных книг, какие только известны им.
Реакционная критика (Кювилье-Флери, Понмартен и другие) резко порицала Флобера за безнравственность его книги, за будто бы абсолютное равнодушие, проявляемое автором к порокам и добродетелям героев. Твердили при этом, что его персонажи не живые люди, а манекены или карикатуры и т.п. Понмартен высказал мысль о том, что роман Флобера есть «проявление болезненной экзальтации чувств и воображения недовольной демократии».
Флобера объявили творцом «мизантропического эпоса», старались под видом защиты «идеалов» дискредитировать суровую и честную правду жизни, ставшую главным героем первого реалистического творения Флобера.