Вскоре Зюсса вызвали к министру. «Вы написали мне письмо? Я не могу назначить вас приват-доцентом, но хочу назначить экстраординарным профессором без жалованья», — сообщил ему Тун.
Таким образом, Зюсс получил гораздо больше того, на что надеялся. Не имея еще двадцати шести лет, он получил кафедру в университете, и перед ним открывалась деятельность, к которой он больше всего стремился.
Значительная часть коллегии профессоров сочла назначение Зюсса нарушением своих прав, так как оно не было основано на решении коллегии. Но вскоре укрепилось убеждение, что дело касается отрасли знания, еще не представленной в университете, и симпатии большинства склонились на сторону Зюсса. Только несколько наиболее старых профессоров упорно отказывались признать молодого профессора.
Отец Зюсса теперь успокоился относительно будущности сына и избавил его от работы, связанной с фабрикой.
В XVII веке высшие школы были в пренебрежении, а гимназиями ведала церковь. Иезуитским гимназиям XVIII и первой половины XIX века было чуждо стремление заинтересовать юношество наукой и воспитать в нем любовь к знаниям. Еще в 1824 году в двух старших «философских» классах преподавание естественной истории и истории Австрии было необязательно. После подавления революции 1848 года и отмены конституции реакционное правительство искало путей для укрепления целости монархии и, конечно, рассчитывало на могучее содействие католической церкви. Католическое духовенство, организованное в единую иерархию под управлением и главенством римского папы, имело огромное влияние на всю политическую жизнь европейских государств.
Принимая министерство в 1849 году, граф Тун нашел готовый проект реорганизации гимназий, выработанный Боницем и Экснером еще во время революции. Согласно ему, гимназии переходили из-под власти церкви в ведение министерства. Только преподавание религии оставалось в руках духовенства.
Проект организации гимназий, написанный в 1848 году, встретил сильное противодействие со стороны реакционных кругов, и они настояли на том, чтобы преобразование было введено провизорно — в виде опыта, на четыре года. Перед окончанием этого срока правительство запросило генерала ордена иезуитов, может ли орден принять в свое ведение австрийские гимназии, согласно новому положению. Орден потребовал непосредственного руководства гимназиями без подчинения областным учебным советам, освобождения от государственного экзамена учителей, выбора учебников по указанию ордена и введения учебного плана, утвержденного орденом. Согласно последнему, главное внимание было обращено на изучение латыни как языка католической церкви. Естественная история, геометрия и алгебра должны были быть из'яты из программы преподавания в младших классах.