Австрийское правительство согласилось заключить конкордат (договор) с папой. Конкордат был проведен графом Туном при деятельном участии кардинала Раушера, непосредственно ведшего переговоры с представителями папы, и был подписан в 1855 году.
Согласно статьи V конкордата, епископам предоставлялся верховный надзор над всем преподаванием в средней школе, «чтобы в учение не проникло ничего противного католической религии». Согласно статьи VII, во всех гимназиях и средних школах профессорами и учителями могли быть только католики.
Граф Тун провел также и реорганизацию университетов. Тщательно отобрав профессоров-католиков, он создал коллегии профессоров и предоставил им право на замещение кафедр, хотя утверждение кандидатур оставил за министерством. Учредил он также и приват-доцентуру. При назначении на математические и технические кафедры в редких случаях допускались профессора лютеранского вероисповедания, тогда как по кафедрам истории, философии и церковного права при выборе профессоров ощущалось несомненное стремление назначать исключительно католиков.
Кафедра геологии также усиленно опекалась министерством. В 1856 году была перепечатана статья кардинала Раушера, написанная в 40-х годах, в которой сотворение Земли было изложено по библии и отвергались все теории и выводы современной геологии.
Париж и Лондон. Наблюдения и встречи
Во время поездки в 1856 году в Швейцарию на с'езд естествоиспытателей Зюсс, совместно с несколькими швейцарскими и австрийскими геологами, задумал учреждение международного общества для изучения Альп на всем протяжении от Лиона и Генуи до Вены. Когда немецкие естествоиспытатели собрались на с'езд в Вену, был поднят вопрос об изучении Альп. Зюсс выработал устав общества и план его деятельности. Но международный характер общества возбудил подозрения властей, и попытка учредить общество не удалась.
Молодые ученые, читавшие публичные лекции, защищали в газетных статьях и брошюрах необходимость преподавания естественной истории в гимназиях. Фактически существовавший кружок требовал легализации. Опасаясь противодействия властей, Зюсс как член правления кружка обратился к помощи президента Академии Баумгартнера. Последний принял большое участие в этом деле и помог кружку преодолеть все препятствия. Об'единение молодых естествоиспытателей легализовалось в виде ферейна.
Когда учение Дарвина начало распространяться, Иегер, устроитель зоологического сада в Вене, предложил прочитать лекцию о Дарвине. Зюсс был послан в министерство народного просвещения за разрешением лекции. В министерстве, как и нужно было ожидать, испугались смелых дарвиновских выводов и начали убеждать Зюсса, что ферейн поступил бы целесообразнее, организовав лекции о производстве зеркал, стали, вообще на более полезные темы. Пришлось доказывать необходимость ознакомления слушателей с живой природой и с гипотезами, выясняющими ее развитие. После настойчивых доказательств и просьб лекцию все-таки разрешили, но при условии, что теория Дарвина будет излагаться лекторами только как гипотеза, а не как непреложная истина.