В Венском университете Зюсс преподавал сорок пять лет (1856–1901) и, как замечательный лектор, пользовался огромным успехом. Он увлекал своих слушателей красиво построенной речью, мастерской характеристикой явлений и идей, анализом и синтезом научного материала, поясняемого прекрасными рисунками, которые он сам делал цветными мелками на черной доске. Зюсс сложил с себя профессуру, согласно действовавшему уставу, только в возрасте семидесяти лет, и в конце своей прощальной лекции сказал: «Когда я сделался учителем, я не перестал быть учащимся, и теперь, прекращая преподавание, я хотел бы остаться учащимся до тех пор, пока мои глаза могут видеть, мои уши слышать и мои руки действовать». И до конца жизни, еще тринадцать лет, Зюсс продолжал свою научную деятельность, оставаясь учащимся, — изучая мировую литературу для последнего тома «Лика Земли» и других трудов.
Аналитическая мысль Зюсса охватывала проблемы землеведения во всей их широте и глубине. Он не был узким специалистом, и нет ни одного крупного вопроса геологии, которого он не коснулся бы своей гениальной мыслью. Особенно интересовала его динамика земного шара: тектоника, вулканизм, землетрясения, медленные колебания суши и уровня моря, трансгрессии и регрессии. Изменения органического мира являлись темами отдельных трудов, иногда очень небольших по об'ему, но всегда богатых глубиной анализа и новыми идеями. Он писал также о горячих источниках, о будущности золота и серебра, о постоянстве морских глубин, о долине Дуная и Инна, о лике Луны. Многие труды его посвящены остаткам ископаемых животных. Он был незаурядным палеонтологом и стратиграфом, описавшим разнообразные коллекции из разных частей света. Список его сочинений с 1851 по 1913 год заключает 130 трудов, не считая многотомного «Лика Земли».
Несмотря на свою известность как общественного деятеля и выдающееся положение как ученого, в Академии, в университете, Зюсс оставался скромным человеком. Он жил со своей семьей в небольшой квартире в малолюдном, спокойном переулке. В его маленьком кабинете, заставленном полками с книгами, был задуман и выполнен «Лик Земли» и другие научные труды. Здесь же подготовлялись лекции, политические и общественные выступления.
Выдающимся умственным качествам Зюсса соответствовала и его внешность. Он был высокого роста, с крупными, красивыми чертами лица и проницательным орлиным взором карих глаз под тонко очерченными бровями. В молодости его украшала черная, слегка волнистая шевелюра, густая борода и небольшие усы. Он обладал мягким, приятным голосом.