По возвращении в Вену, Зюсс узнал, что постройка водопровода все еще не налажена. С февраля 1867 года дума шесть раз обращалась в министерство финансов с просьбой ускорить разрешение займа и передачу городу источников Кайзербруннен. В ноябре пришло наконец предложение о передаче, но оно было обставлено невозможными условиями: город должен был отвести речку Питт в судоходный канал Нейштадта, признать претензии землевладельцев и добиться в рейхстаге выработки особого закона об отчуждении.
Эти новые препятствия возмутили думу, и она единогласно постановила послать заявление по шести адресам: императору, канцлеру, министру-президенту и министрам — военному, юстиции и финансов. В этом заявлении министерство финансов обвинялось в торможении общеполезного предприятия и в превышении власти. Такие действия по отношению к столице империи характеризовались в заявлении как беспримерные.
Только в июле 1868 года Вена приступила наконец к постройке водопровода. После окончания изысканий четыре года продолжалась волокита в правительственных учреждениях, где процветали взятки, продажность и интриги.
Член Академии наук и школьный инспектор
В 1867 году Зюсс был назначен ординарным профессором и затем избран в действительные члены Академии наук.
Вступая в состав этого высокого учреждения, Зюсс сознавал, что оно, несмотря на свою деятельность и заслуги некоторых его членов, не имеет того значения и не пользуется тем влиянием, на которое имеет право. Он с удовольствием узнал, что еще в 1848 году геолог Гайдингер, а в 1865 году Гауэр были инициаторами реформ отдельных статей устава. Теперь несколько академиков обратилось к Зюссу, закрепившему за собой репутацию энергичного человека, с просьбой составить доклад о положении Академии и закончить его предложением назначить комиссию для выработки желательных изменений в ее организации. В составе профессоров историко-филологического отделения большим сторонником и умелым защитником реформ был фон Арнет.
Доклад Зюсса был готов в январе 1868 года. Предложение напечатать его вызвало оживленные споры, но все же было принято. Комиссия была избрана в составе десяти академиков, в числе которых были фон Арнет, Гауэр, Литтров и Зюсс. Выработанный комиссией проект, после горячей дискуссии, был 28 мая отвергнут 27 голосами против 15. Но все эти споры так взбудоражили застойную жизнь Академии, что через год, при перевыборах президента, Академия, вопреки всем традициям, провалила на выборах прежнего президента Караяна и избрала Рокитанского, а вице-президентом — фон Арнета.