После с'езда Зюсс провел некоторое время в Альпах Бергамаско, проживая в хижинах пастухов. Местность эта бедная, леса скудны, а население поражено кретинизмом и зобом. Два дня ему пришлось просидеть из-за дождя в хижине старого пастуха и питаться козьим молоком и сельдереем.
Зима 1868–1869 года принесла Зюссу много дел, отвлекавших его от научной работы. По приказу императора с 1867 года в Вене начали срывать валы, засыпать рвы и застраивать гласисы прежних укреплений. Вопрос об утилизации освобождавшейся площади вызвал большие споры между военной властью и городом. Военные хотели окружить город цепью плац-парадов, казарменных построек и караульных помещений, чтобы удобнее было держать в повиновении пролетарскую часть города. Дума отстаивала площадь для нового здания университета, а на деньги, вырученные от продажи частным лицам освобожденных участков, рассчитывала возводить постройки для городских надобностей. Все эти споры и переговоры, длившиеся месяцами, отнимали много времени у Зюсса как у члена городской думы. Но, несмотря на это, Зюсс заинтересовался еще и горным делом. Наблюдение более глубоких слоев земной коры и соотношения горных пород, которые на земной поверхности часто замаскированы продуктами выветривания или растительностью, давало геологии новые факты. В случае какого-либо особого происшествия в рудниках Зюсс немедленно, даже если его и не приглашали, отправлялся туда только затем, чтобы получить интересные сведения.
В начале декабря 1868 года в самые глубокие горизонты обширных соляных копей Велички прорвалась вода. Пресная вода, проникнувшая в соляную копь, растворяет соль и ослабляет предохранительные столбы и целики, поддерживающие своды выработок. Обычно растворение продолжается только до тех пор, пока вода не насытится солью, и затем приостанавливается. Но при откачивании раствора его сменяет пресная вода, процесс растворения возобновляется и обрушение сводов становится неизбежным. Таким образом, задача оказалась очень сложной. Не все виденное в Величке понравилось Зюссу, и по возвращении он сделал в Геологическом комитете два доклада о подготовке горных инженеров, критикуя существующую систему образования. В марте 1869 года министр народного просвещения пригласил Зюсса на совещание по вопросу о подготовке горных работников. Оно состоялось в апреле. Защитником существующего порядка оказался директор горного института в Леобене Туннер, которому Австрия обязана развитием производства железа. Он требовал строгой дисциплины и введения экзаменов. «Порядки, вроде университетских, — говорил он, — где полгода продолжаются каникулы, могут привести к полному упадку горного образования». Зюсс возразил, что для того, кто хочет учиться, и в университете нет каникул, а для того, кто не хочет, — каникулы всегда. Таким образом происходит естественный отбор, который достигает цели лучше всяких школьных экзаменов.