На следующий день министр предложил Зюссу место директора института в Леобене. Но Зюсс был слишком связан с Веной и отказался от этого назначения. В это же время он принимал участие в хлопотах по учреждению городского педагогического института и в выработке новых школьных законов. Так как реальное среднее образование в Австрии было недостаточно популярно, Зюсс согласился на время принять должность школьного инспектора и поручение провести экзамены на аттестат зрелости в реальных училищах Верхней и Нижней Австрии.
Об'ехав реальные училища Нижней Австрии, Зюсс убедился, что директора имели слишком слабое влияние на ход преподавания, занимаясь главным образом хозяйственными делами. Таким образом, не было инстанции, заботившейся о единстве преподавания и ответственной за его успехи. В двух школах учителя математики старались щегольнуть перед Зюссом тем, что ученики знают бином Ньютона, и были немало удивлены, когда он сказал им, что это выходит за пределы программы средней школы. В другом реальном училище учитель географии заставлял учеников заучивать названия самых мелких речек в Греции, а название столицы Португалии они не знали. Учитель оправдывался тем, что, так как реалисты лишены преимуществ классического образования, он старался хоть отчасти компенсировать этот пробел. По большинству предметов испытание на аттестат зрелости сводилось к упражнению памяти. Чтобы выяснить степень развития учеников, Зюсс прибегнул к другому методу. Он заставлял их читать немецкую прозу известных писателей и просил подчеркивать в прочитанном самое существенное. Этот способ дал ему возможность судить о развитии учеников лучше, чем ответы на экзаменах.
Ознакомившись с положением дела, Зюсс пришел к выводу, что директора должны гораздо больше влиять на ход преподавания и отвечать за его успехи, что испытания на аттестат зрелости необходимы для равномерности преподавания во всех школах, что немецкой литературе, согласно требованиям времени, надо уделять больше внимания и преподавание географии следует улучшить.
Зюсс скоро убедился, что интересная и значительная деятельность инспектора все же мало соответствует его наклонностям, и осенью вернулся к своей профессуре в университете. После смерти депутата Зелинки на его место 23 августа 1869 года почти единогласно был избран Зюсс.
Трудная экспертиза. Суэцкий канал
Кроме постройки водопровода Зюсс был занят вопросом о регулировании Дуная. Ежегодно, во время весеннего половодья, Вена подвергалась более или менее значительному наводнению. Кварталы Бригеттенау, Россау, Эрдберг, Шюттель и др., населенные исключительно беднотой и расположенные на низменном берегу реки, затоплялись иногда до уровня вторых этажей. Люди спасались на чердаки и крыши, а часть их жалкого имущества уносилась водой. После спада воды им приходилось возвращаться в свои жилища, которые, едва просохнув за лето, нередко опять намокали на всю зиму во время под'ема воды после осенних дождей. Особенно остро стал вопрос после весеннего наводнения в 1862 году, во время которого была затоплена вся низменная часть Вены. Зюсс жил в это время на улице Пратер и видел, как вслед за убегавшими прохожими широкими волнами вливалась в улицы вода вздувшейся реки.