Согласно первоначальному проекту, канал нового прямого русла Дуная должен иметь три метра глубины, считая от среднего уровня реки, и 300–360 метров ширины. Такую ширину предполагали дать только на протяжении первых 1440 метров, затем устроить воронкообразное сужение и в остальной части дать только 126 метров ширины и 1,8 метра глубины, рассчитывая, что быстрая река сама расширит и углубит новое русло. Но комиссия пришла к убеждению, что река не выполнит эту работу и частью останется в старом русле, частью же одичает, то-есть пророет новые рукава ниже места сужения и станет непроходимой для судоходства. Кроме того при этом необходимо было перегородить хотя бы часть старого русла, что создавало опасность наводнений в половодье в связи с задержкой свободного стока. Таким образом, первоначальный проект пришлось отвергнуть и установить, что такую реку, как Дунай, можно обуздать, только предоставив ей готовое новое русло одинаковой ширины и глубины на всем протяжении. Но это увеличивало об'ем земляных работ вдвое — вместо 6,2 млн. куб. метров приходилось вынуть 12,7 млн., и стоимость выемки каждого лишнего кубометра становилась жизненным вопросом всего предприятия.
Этот вопрос и встал перед Зюссом, когда он вернулся к профессуре после инспекции школ. Он указывает, что за все время постройки водопровода не было таких волнующих в техническом отношении задач, как в этом случае, когда мнения специалистов были противоречивы, а первоначальный проект пришлось отвергнуть. Руководитель Векс стал на его сторону. Пришлось решиться не только на более крупную выемку, но и на приобретение более значительной площади для отвалов вынутых масс земли, что компенсировалось получением новых участков, пригодных для застройки. Некоторое облегчение получилось благодаря решению комиссии уменьшить ширину канала до 270 метров за счет увеличения его глубины в интересах судоходства, но все же задача оставалась огромной.
Установив об'ем работ, комиссия сделала вызов подрядчиков по земляным работам. Сравнительно выгодное предложение сделали четыре инженера, строители Суэцкого канала. Работы на канале закончились, и в их распоряжении были землечерпалки и все техническое оборудование. Вместо исчисленных комиссией 7,3 миллиона флоринов они предложили выполнить работу за 6,8 миллиона.
В половине ноября праздновалось торжественное открытие Суэцкого канала, на которое были приглашены гости из всех государств Европы. Инженер Векс и Зюсс также получили приглашение и воспользовались им, чтобы осмотреть земляные работы. Их особенно интересовало следующее обстоятельство. На Суэцком перешейке расположены горькие озера, уровень которых, вследствие сильного испарения воды в жарком климате, значительно ниже уровня воды в Средиземном море. Эти озера входили в систему канала, и заполнение их водой из моря после прорытия канала вызвало большие затруднения, так как в канале вода приобретала слишком быстрое течение. Предохранительные плотины, сооруженные у входа и стоившие миллион франков, не выдержали, и пришлось предоставить воде свободное течение. После заполнения озер размытые берега канала потребовали ремонта. Это надо было учесть строителям Дунайского канала, когда вода из реки будет пущена в новое русло.