Вопрос о борьбе с наводнениями был наконец-то поставлен на обсуждение в городской думе.
Отстаивая на заседании думы проект спрямления Дуная, Зюсс картинно обрисовал перед собранием ежегодные бедствия многих тысяч граждан. Он говорил также и о последствиях этих наводнений, о болезнях, быстро развивавшихся в сырых помещениях, об ухудшении санитарного состояния всего города, что вызывает лишние расходы со стороны городского управления. Члены думы хорошо понимали, что плохое санитарное состояние бедных кварталов города угрожало также и владельцам богатых особняков и квартир: инфекционные болезни проникают и за дубовые двери буржуа и важных чиновников. Зюсс, познакомившийся незадолго до этого заседания с работами на Суэцком канале, в заключение своей речи воскликнул: «Тот, кто слышал скрежет землечерпалок, кто пережил волнения ночных защитительных работ на плотинах и моменты триумфа при успехе дела, об'единяющего всех участников труда — от высших руководителей до землекопа, — тот сделается на всю жизнь горячим защитником подобных предприятий, обуздывающих грозные силы природы на благо человека». Зюссу удалось в конце концов склонить большинство думы на свою сторону. Оставалось выбрать наиболее целесообразный проект.
Выше Вены Дунай выходит из горной долины на равнину и делится на рукава. Главное русло описывает громадную дугу к северу. Вдоль высот правого берега, на которых находится крепость, тянется узкий рукав, называемый каналом. В промежутке между ним и дугой, среда заболоченных лугов, расположены большой извилистый рукав Кайзервассер и много мелких каналов. Город, постепенно разрастаясь, захватил эту равнину между рукавами, через которые построили деревянные мосты. Во время половодий значительную часть города затопляло, а мосты сносило. Уже с 1811 года возникали проекты регулирования Дуная, сведения его рукавов в одно русло и постройки постоянного моста. После наводнения 1862 года вопрос снова стал на очередь. Но прошло семь лет, пока государство, провинция Нижней Австрии и Вена сговорились учредить комиссию, которая должна была рассмотреть существующие проекты. В состав комиссии вошел и Зюсс как представитель Леопольдштадта — части Вены, наиболее страдавшей от наводнений.
Приходилось выбирать между двумя основными проектами. Первый предлагал сохранить главное дугообразное русло Дуная, подняв и укрепив его берега и уничтожив мелкие рукава. Второй намечал прорытие нового прямого русла длиной в 7 километров. Бургомистр стоял за второй проект. Пригласили иностранных специалистов, и ко времени учреждения комиссии они высказались также в пользу второго проекта. Правительство собиралось отдать все предприятие в руки частной компании, опасаясь, что при современном состоянии финансов расходы будут непосильны. После долгих дискуссий комиссия отвергла передачу дела компании и решила, что расходы лягут в равных частях на государство, провинцию и город. Но проекты все еще возбуждали споры: из иностранцев два высказались за первый проект и два за второй; из отечественных специалистов — три за второй и два за первый. Председатель комиссии и руководитель работ инженер Векс отстаивал второй проект — спрямление русла, но он не скрывал от Зюсса своих сомнений и опасений. Длина дуги Дуная, подлежавшей спрямлению, равнялась 14 километрам, падение реки на этом протяжении — 5,53 метра. Такая быстрая река всегда имеет склонность к «одичанию» — к размыву берегов и разделению на рукава. Она переносит не только песок и ил, но по поверхности дна передвигает гальку и валуны — в тихую ночь слышно шуршанье перемещающихся камней. Там, где сталкиваются струи течения, а также на выпуклой стороне изгибов, галька выдвигается выше уровня низкой воды — мелководья. Здесь почва зарастает травой и кустами. В половодье вода несет много песка и ила, которые задерживаются этой растительностью и осаждаются в местах столкновения струй. Так образуются острова, состоящие выше среднего уровня реки из песка и ила, а ниже его — из гальки.