Дочь Паула вышла замуж за палеонтолога Неймайра, известного своими работами по эволюционной теории и автора прекрасно изложенной «Истории Земли» (изданной и в русском переводе). С 1873 года он был также профессором Венского университета. После его смерти, в 1889 году, вдова вернулась к отцу и заведывала его хозяйством, так как ее мать, после долгой болезни, в 1899 году умерла.
Зюсс прожил много лет в Африканском переулке в скромной квартире, знакомой В. Обручеву по нескольким посещениям в 1898 и 1899 годах. Стены небольшого кабинета были сплошь заняты черными, высокими полками с книгами. Только один простенок украшал бюст Мельхиора Неймайра, покойного любимого зятя; под ним на доске — коллекция геологических молотков, подаренных Зюссу видными геологами всего мира, которые ими работали. Здесь были молотки, отбивавшие образцы в Южной Африке, Америке, Австралии и Азии. Молотки, портреты, снимки интересных местностей украшали также некоторые узкие простенки возле дверей. Среди кабинета — большой стол, за которым Зюсс писал свои научные работы, готовился к лекциям и докладам, сочинял свои политические речи.
Удивительная работоспособность Зюсса сочеталась с уменьем строжайше использовать время. Он вставал в 6 часов 30 минут и через час отправлялся, неизменно пешком, в университет, где читал с 8 до 9 часов свои лекции. Даже в период напряженной политической деятельности он не брал учебного отпуска и не откладывал лекций. Предобеденные часы он отдавал работе в Академии, в парламенте, в ландтаге. После короткого послеобеденного отдыха Зюсс обычно отправлялся на часовую прогулку в парк Пратер, расположенный недалеко от его квартиры, а затем весь вечер, нередко до двух часов ночи, посвящал научной работе или подготовке речей и лекций, если не был занят на заседании в научных обществах, в парламенте, ландтаге. По субботним вечерам обыкновенно происходили заседания кружка геологов, который положил основание учрежденному в 1909 году Геологическому обществу. Обширная библиотека Зюсса и множество рукописных материалов содержались в полном порядке, необходимом для быстрых справок. Многочисленные отдельные оттиски литературы были подобраны по темам и содержались в больших папках. В Геологическом институте Зюсс сам вел список своих слушателей в течение многих лет; он же составил обширные учебные геологические коллекции, содержавшие типичные образцы из всех стран.
Интенсивная научная и общественная деятельность не оставляла времени для развлечений. Зюсс годами не бывал в театре, почти не читал художественную литературу, хотя иногда, после ужина, любил послушать сатирические произведения немецких авторов.