«Я дошел до черты своей жизни. Когда я сделался учителем, я не переставал учиться; теперь я перестаю быть учителем, но хотел бы остаться учащимся, пока мои глаза могут видеть, мои уши слышать и мои руки схватывать. С этим пожеланием я не ухожу, но отхожу на свое прежнее место. А теперь благодарю вас всех от глубины души за ваше посещение и прошу сохранить обо мне добрую память».
«Собрание слушало учителя в напряженном безмолвии, и, когда Зюсс сошел с кафедры и направился через столпившихся слушателей к выходу, все были еще под впечатлением торжественного момента. Полное отсутствие аплодисментов и молчаливые рукопожатия всего лучше соответствовали глубокому волнению, охватившему присутствующих».
Зюсс стал членом-корреспондентом Академии наук в 1860 году, в возрасте двадцати девяти лет. В 1867 году он был избран в действительные члены, а с 1885 года, в качестве секретаря естественно-математического отделения, принял деятельное участие в работах Академии. В 1890 году он стал секретарем всей Академии, в 1893 году — вице-президентом и в 1898 году — президентом Академии, которым и оставался до 1911 года. Из-за преклонного возраста он сам отказался от этого поста, но продолжал принимать живое участие в научных работах.
Как президент Академии Зюсс являлся организатором крупных предприятий и заботился о том, чтобы значительные средства, полученные по завещанию купца Трейтля и других лиц, не распылялись на мелкие работы. По его почину были организованы экспедиции в Индию для изучения чумы, в южную Аравию, две бразильские, археологическая — в Египет, экспедиция на судне «Пола» в Средиземное и Красное моря для глубоководных исследований. Он же пытался провести об'единение немецких академий, которое должно было превратиться в международную ассоциацию академий наук для исследований, в которых были заинтересованы все государства и которые можно было успешно проводить только в международном масштабе.
По отзыву Динера, одного из старейших учеников Зюсса и затем многолетнего профессора палеонтологии Венского университета, известного своими работами по описанию фаун, особенно триаса из Альп, Индии, Гималаев и разных частей Сибири, Зюсс обладал особенной способностью обнаруживать связь между явлениями, которые на первый взгляд казались далекими друг от друга, открывать закономерности, о которых до него никто не думал. Он научил видеть многие вещи, мимо которых проходили с закрытыми глазами. Даже самый, по внешности, простой и маленький предмет возбуждал его мысль. Многие помнят его доклад в Венском геологическом обществе, на котором он перешел от описания мельчайших сбросов в горной породе к высшим проблемам горообразования. На другом докладе кусок магнитного колчедана, который он держал в своей руке, явился исходной точкой для цепи мыслей, создавших мост через просторы вселенной к созвездию Лебедя.