Эти два экстремальных варианта возможны вследствие остановки в циркуляции Тихого океана, которая в нормальном своем состоянии заставляет холодную воду подниматься у берегов Южной Америки, а теплую воду опускаться у берегов юго-восточной Азии. Из-за изменившей направление циркуляции в годы воздействия Эль-Ниньо возникает обратная ситуация: холодная вода у берегов юго-восточной Азии и значительно более теплая вода, чем обычно, у западных берегов Центральной и Южной Америки. Причиной этому является то, что южный пассат прекращает дуть или дует в противоположном направлении. Он не переносит теплую воду как раньше, а заставляет воду двигаться назад к берегам Южной Америки волнообразными движениями (волна Кельвина) из-за разницы в уровне моря в 60 см у берегов юго-восточной Азии и Южной Америки. Возникающий вследствие этого язык теплой воды имеет размер в два раза больший, чем площадь США.
Над этой площадью вода незамедлительно начинает испаряться, вследствие чего образуются облака, приносящие большое количество осадков. Облака переносятся западным ветром в направлении западного южно-американского побережья, где выпадают осадками. Большая часть осадков выпадает перед Андами над прибрежными регионами, так как для того, чтобы пересечь высокую цепь гор, облака должны быть легкими. В центральной части Южной Америки также выпадают сильные осадки. Так, например, в парагвайском городе Энкарнасьон в конце 1997 – начале 1998 года за пять часов выпало 279 литров воды на квадратный метр. Похожее количество осадков выпадало и в других регионах, например, в Итаки в Южной Бразилии. Реки вышли из берегов и вызвали многочисленные оползни. В течение нескольких недель в конце 1997 – начале 1998 года 400 человек погибли, а 40 000 потеряли жилье.
Совершенно противоположный сценарий разыгрывается в регионах, затронутых засухой. Здесь люди борются за последние капли воды и погибают из-за постоянной засухи. Засуха особенно угрожает представителям коренных народов Австралии и Индонезии, так как они живут в стороне от цивилизации и зависят от периодов муссонов и природных водных ресурсов, которые из-за воздействия Эль-Ниньо или опаздывают с наступлением или вообще пересыхают. Кроме того, народам угрожают вышедшие из-под контроля лесные пожары, которые в обычные годы затухают в период муссонов (тропических дождей) и не приводят, таким образом, к разрушительным последствиям. Также засуха затрагивает и фермеров в Австралии, которые из-за недостатка воды вынуждены уменьшать поголовье скота. Недостаток воды приводит к тому, что вводятся ограничения в потреблении воды, как, например, в большом городе Сиднее.