Лошадь Пржевальского раньше тоже относили к предкам домашней лошади, но выяснилось, что у нее 66 хромосом, и эту версию отбросили. Дикая лошадь Пржевальского последний раз отмечена в природе в Джунгарском Гоби в 1968 году, с этого момента эта форма также считается исчезнувшей из природы; основная причина исчезновения — прямое истребление, освоение местообитаний с активным вытеснением с пастбищ и водопоев. 11 лошадей Пржевальского из Джунгарии были отловлены и привезены для содержания и разведения в зоопарки Европы в 1899–1901 годах; последняя из этих лошадей пала в 1939 году. Еще одно дикое животное было отловлено в природе в 1947 году. Потомство этих основателей составляло 50 лошадей к 1958 году, когда было положено начало международной кооперации по разведению лошади Пржевальского в зоопарках и питомниках. В 1956 году 4 жеребца и 8 кобыл были вывезены в Америку. К концу 1990-х годов общее число лошадей в зоопарках и специализированных центрах, по данным Международной племенной книги, было порядка 1000 особей.
Лошадь Пржевальского биологически пластичный вид, для которого характерно большое разнообразие мест обитания. В пределах обширного ареала лошадь Пржевальского населяла злаковые степи (частично лестостепи), полупустыни, разные типы пустынь, высокогорные плато и мелокосопочники. поскольку к тому времени, когда лошадь Пржевальского была открыта в Джунгарии, она уже исчезла из природы в пределах всего исторического ареала, кроме Джунгарии, определенно можно говорить только о предпочитаемых местообитаниях этой популяции — ковыльные пустынные степи или злаковые остепненные пустыни в пределах холмистых равнин или предгорий с доступными водопоями и подходящими укрытиями (ущелья, овраги). По широким межгорным долинам лошади совершали кочевки на территорию Китая. Для лошадей характерны гаремные табуны во главе со взрослым жеребцом и 4–5 взрослыми кобылами с несколькими жеребятами, и холостяковые табуны, состоящие преимущественно из молодых жеребцов. Самки впервые приносят жеребят в возрасте 3–4 лет, самцы начинают участвовать в размножении на 4–5 году жизни. Спаривание обычно в мае — июне. Беременность около 11,5 месяца. Самка приносит одного жеребенка, которого кормит до следующего гона. В норме кобылы жеребятся раз в 2 года, ежегодное рождение молодых наблюдается только при очень благоприятных условиях (хорошее индивидуальное состояние животных, фаза роста группировки).
Точных данных о численности лошади Пржевальского в природе для прошлых веков как в пределах России, так и по всему ареалу нет. Данные по численности в зоопарках и питомниках мира постоянно обновляются в Международной племенной книге, которая ведется в Пражском зоопарке. Лимитирующими факторами для дальнейшего сохранения вида в зоопарках и питомниках стали инбридинг (близкородственное скрещивание) и потеря генетического разнообразия, рост числа наследственных заболеваний, снижение плодовитости, выживаемости молодняка, утрата нормальной сезонности размножения и другие негативные последствия содержания и разведения в неволе значительного числа поколений животных.