На деятельности Академии все больше сказывается правительственная реакция. Николай I все чаще вмешивается в дела Академии, перемещает и удаляет неугодных ему профессоров. Устанавливается «высочайший» контроль и над произведениями художников. Совету Академии сообщается, что перед открытием академических выставок император сам будет осматривать картины и исключать из экспозиции те работы, которые он признает недостойными публичной выставки.[208]
Система академического обучения, сложившаяся к началу XIX века, просуществовала без значительных изменений до конца XIX века. Первоначально, по уставу 1764 года, обучение в Академии художеств начиналось с 6-летнего возраста и длилось 15 лет. Оно делилось на несколько этапов: с 6 до 9 лет ученики находились в так называемом «детском классе», где происходило «поучение по летам их закона Божия и всех частей первого детского воспитания», а также «чтение и писание на российском и иностранных языках». Здесь же изучались «первые основания арифметики», рисование, «краткие сведения» из географии, геометрии, истории. По существу, продолжалось это изучение и в «отроческом» классе с 9 до 12 лет.
В «юношеском классе», в котором находились ученики с 12–15-летнего возраста, к прежним предметам прибавлялись: математика, «первые основания физики» и «натуральной истории», а также «правила архитектуры и делание чертежей».[209]
После окончания юношеского класса учеников разделяли — проявившие наибольшие способности к рисованию продолжали обучение в высших классах Академии, остальных переводили в ремесленные классы — резьбы по дереву, позолоты и т. п. Обучение в высших или ремесленных классах также длилось 6 лет.[210]
В 1802 году детский класс был упразднен, в связи с чем срок пребывания в Академии сократился до 12 лет, а прием учеников стал производиться с 9-летнего возраста. Учебная программа была расширена за счет введения оптики, теории архитектуры и эстетики. Кроме казеннокоштных пансионеров, находившихся на государственном обеспечении и живших при Академии, разрешено было обучать и своекоштных, живших дома или на частных квартирах.
Всем ученикам Академии полагалась форма: синие куртки с короткими штанами, белые чулки и башмаки с пряжками в виде лир. Позднее короткие штаны были заменены брюками, с обуви сняты пряжки.
Условия учебы и жизни воспитанников, особенно казеннокоштных, были нелегкими. Большая часть дня предназначалась для занятий. Учебный день казеннокоштных учащихся начинался в 5 часов утра, в 6 часов шли на молитву и завтрак. «В семь утра шел звонок, и все четыре возраста отправлялись в научные классы до 9 часов, после чего старшие два возраста отправлялись в специально художественные классы, младшие же два возраста — в классы рисования, которые и продолжались до 11 часов, затем в 11.30 был обед; после обеда прогулка продолжалась до первого часа; после чего у младших были вторично учебные классы, а у старших двух возрастов — занятия в специально художественных классах: затем два часа отдыха и раздача младшим классам по куску полубелого хлеба, как то было утром, — в 5 часов вечера рисовальные классы для всех 4-х возрастов до 7 часов вечера, после чего ужин, и в 9 шли по своим спальням, где и спали до 5 часов утра».