В ответ на эти правительственные указы возникли крупные студенческие волнения во многих университетах. В Киевском университете в связи с арестом студента Пеньковского начались массовые сходки. Особенно значительными были выступления студентов в Москве и Петербурге, где уличная демонстрация была разогнана полицией. «Господствующее настроение между студентами было самое крайнее: ненависть к власти… протест против существующего порядка вещей, доходивший до полного отрицания какого бы то ни было с ними компромисса»
[372], — вспоминал участник этих событий.
В ответ на студенческие волнения власти закрыли Петербургский университет впредь до «особого распоряжения», которое последовало лишь в 1863 году.
Студенческие волнения вызвали широкое общественное сочувствие. Университетские вопрос приобрел политическое значение, так как отношение правительства к просвещению определяло и общую направленность внутренней политики. Подъем студенческого движения оказал непосредственное воздействие на разработку нового университетского устава, подготовка которого продолжалась с 1858 по 1863 год. В ходе его обсуждения высказывались самые крайние предложения, вплоть до превращения университетов в исключительно дворянские учебные заведения. Министр Путятин проявил полную некомпетентность в данном вопросе. «Очевидно, — писал Никитенко, — он не в состоянии сам обнять ни задач университетов, ни нужд их, ни средств, как их преобразовать и улучшить».[373]
Тем не менее, общественные настроения и выступления студенчества предопределили в целом прогрессивный характер устава 1863 года. Согласно ему университеты признавались как самоуправляющиеся учреждения. Правительственный контроль был ослаблен. Университетские советы получали право решать все методические вопросы, определять учебную программу, распределять средства на учебные пособия, назначать стипендии студентам, рекомендовать к изданию научные работы, присуждать награды и медали. Устав 1863 года устанавливал выборность ректора и деканов с последующим утверждением их попечителем учебного округа или министром просвещения.
Устав 1863 года закрепил и стабильную структуру университетов. В состав их входили четыре факультета: физико-математический, с отделениями физическим, математическим и естественным; медицинский; историко-филологический, с отделениями историческим, славяно-русской филологии и классической филологии; юридический. В Петербургском университете не было медицинского факультета, поскольку в городе действовала Медико-хирургическая академия, но был факультет восточных языков. Томский университет открылся в 1888 году в составе одного медицинского факультета, в 1898 году к нему был прибавлен юридический. В Дерптском университете существовал еще богословский, лютеранский факультет.