В преподавании сочетались лекционный метод с практическими занятиями. Учебная программа была расширена за счет специальных предметов, при этом из нее были исключены фехтование, музыка, рисование. Срок обучения был увеличен до 5 лет.
По окончании университета студенты получали звание кандидата. Наиболее способные могли продолжать занятия в аспирантуре. Через два года обучения аспиранты держали экзамен на степень магистра и готовили магистерскую диссертацию.
Воплощение в жизнь положений устава 1863 года способствовало прогрессивному развитию университетского образования и научной деятельности.
При университетах и с участием университетских преподавателей стали создаваться многочисленные научные общества, деятельность их охватывала обширные регионы России и была очень плодотворна. Например, в 1868 году в Казани было создано «Общество врачей», председателем которого являлся профессор Казанского университета Виноградов. «Общество» производило «изучение в медицинском отношении Казанского края с целью повышения в нем уровня общественного здоровья». Среди прочих дел разрабатывались меры, призванные устранить «вредное влияние различных производств на жизнь рабочих». Сотрудники Харьковского университета изучали местные минеральные источники, принимали предупредительные меры против эпидемий (в частности, холеры), принимали участие в деятельности местного общества грамотности. В 1868 году в Петербурге, а затем в Казани, Киеве и др. городах возникли «Общества естествоиспытателей», деятельность их протекала в тесной связи с университетскими учеными. Активное участие в работе «Общества» принимал профессор Петербургского университета Фаминцын, в Казани совет университета предоставил в распоряжение «Общества» аудиторию и музей. При многих университетах создавались общества археологии, истории и этнографии, изучавшие местные памятники древности и собиравшие этнографический материал.
Несмотря на развитие университетского образования и науки во второй половине XIX века продолжало не хватать как научных кадров, так и людей с высшим образованием. В середине 60-х годов А. В. Никитенко записал в своем «дневнике»: «…из 80 000 чиновников империи ежегодно открывается вакантных мест 3000. В продолжение 2-х или 3-х лет… из всех университетов, лицеев и школы правоведения выпускалось ежегодно 400 человек, кроме медиков. Вывод из этого: как невелико у нас число образованных людей для занятия мест в государственной службе».[374]
Положение, подобное этому, сохранялось и в последующие годы. Нехватка научных кадров побуждала привлекать университетских профессоров для обсуждения различных проектов, участия в государственных административных и финансовых комиссиях. Например, профессор А. И. Воейков был председателем метеорологической комиссии Российского географического общества, В. В. Докучаев — член комиссии по высшему сельскохозяйственному образованию и комиссии министерства государственных имуществ. В то же время экономическое положение университетов в 60–80-х годах продолжало оставаться тяжелым. Штатные суммы не покрывали действительных расходов на жалование преподавателей и служащих университетов. В начале 80-х годов XIX века они составляли по Петербургскому университету — 311 050 руб… Московскому — 409 570 руб… Казанскому — 342 820 руб… Харьковскому — 327 190 руб., Киевскому — 332 070 руб. На учебно-вспомогательные учреждения шести университетов отпускалось 2 907 722 руб.