Несмотря на все трудности, творческая активность университетских ученых получила в этот период воплощение в ряде выдающихся научных работ: математика П. Л. Чебышева, физика А. Г. Столетова, механика Н. Е. Жуковского. Историческая наука обогатилась завершающими томами «Истории России с древнейших времен» С. М. Соловьева (1878–1879), в это же время вышли в свет «Общинное землевладение…» М. М. Ковалевского, «Боярская дума в древней Руси» В. О. Ключевского и др.
Общедемократический подъем конца 70-х — начала 80-х годов оказал огромное воздействие на университеты. Под влиянием растущего общественного возбуждения, активизации революционной деятельности народников студенты начали принимать все более деятельное участие в разного рода публичных мероприятиях: юбилеях прогрессивных писателей, петициях, похоронах передовых общественных деятелей, затем сходках и демонстрациях. С весны 1878 года передовое студенчество принимает активное участие в общественных выступлениях против произвола властей. Многочисленные сходки в университетах страны прошли в связи с политическим «процессом 193-х». «Печать и высшая школа всегда являлись у нас наиболее чувствительными и нежными барометрами для определения политической погоды»,[378] — писал в своих воспоминаниях замечательный русский ученый-историк А. А. Кизеветтер.
Осенью и зимой 1878 года студенты Петербургского, Харьковского и Московского университетов обратились с петицией к наследнику престола великому князю Александру Александровичу (будущему императору Александру III). В петиции содержались просьбы о предоставлении корпоративных прав, разрешения касс взаимопомощи, сходок и других «прав человека». Подобные петиции подавались и студентами Петербургской Медико-хирургической академии. Харьковского ветеринарного института и других высших учебных заведений страны. В ряде случаев студенческие демонстрации были разогнаны полицией и казаками.
Академический конфликт стал приобретать политический характер.
В ответ на студенческие волнения правительство в изданных в 1879 году «Временной инструкции для университетской инспекции» и «Правилах для студентов» постановило: студенческие сходки, собрания, спектакли, а также подачу адресов и петиций запретить, усилить полицейский надзор за студентами. В обязанности инспектора теперь входило наблюдение за студентами во внеучебное время — посещение их квартир, вечеринок, изучение характера, интересов, дружеских связей каждого студента.
Однако дальнейшее нарастание революционной ситуации в период 1879–1881 годов притормозило последующие репрессивные меры против университетов и опубликование готовящегося нового университетского устава.